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基因組和蛋白組學的技術突破不斷驅動腫瘤生物學向前發展，癌癥的前瞻性分子特征使醫生能夠實時確定每個患者腫瘤的基因組變化，并能夠根據這些詳細的數據選擇個性化的治療方案。雖然目前只有少數患者受益于靶向治療，但隨著該領域的進展，這一群體將繼續增長。

腫瘤學的范圍正在迅速擴大，以解決以前無法克服的靶標和罕見的基因組驅動因素，同時，以前未被認識到的生物和治療的復雜性也正在出現。如何進一步擴大基因組驅動腫瘤學的益處，包括提出改進藥物設計的策略，更細致的患者選擇，以及設計下一代基因組驅動的臨床試驗，將有助于加速我們對腫瘤生物學的理解，并持續改善患者預后。

目前，基于腫瘤學的新一代療法有助于闡明分子靶向藥物的許多關鍵特性。其中重要的因素包括治療指數、靶向選擇性和耐藥性。

治療指數

一個良好的治療窗口以允許劑量，是治療成功的關鍵。治療指數是藥物選擇性、靶點特征和脫靶毒性綜合考量的結果。

例如，EGFR抑制劑的治療窗口因靶向激活突變與野生型EGFR的選擇性不同而有所不同。許多對一代和第二代EGFR抑制劑（如erlotinib、gefitinib和afatinib）反應良好的患者，都有L858R突變和外顯子19缺失，這些缺失增加了受體二聚并降低ATP結合，與野生型EGFR相比，抑制劑的親和力增強。

相比之下，這些藥物在EGFR外顯子20插入中具有較差的治療指數，因為對外顯子20突變體的抑制作用不如對野生型EGFR的抑制，限制了這類藥物的耐受性。

靶標選擇性

針對靶標的選擇性可以降低脫靶毒性，并允許更有效的藥物活性，從而提高療效。

例如，在約2%的肺腺癌和高達20%的甲狀腺乳頭狀癌中發現活化RET改變，而多重激酶抑制劑（MKI）會有一定程度的RET抑制，如lenvatinib、vandetanib、cabozatinib和ponatinib，在RET突變的腫瘤中表現出有限的臨床活性。然而，所有這些藥物都表現出更強的非靶向抑制作用，典型的是VEGFR（KDR），這決定了它們的劑量阻礙毒性，從而無法達到的RET阻斷。

相反，選擇性RET抑制劑，包括selpercatinib（LOXO-292）和pralsetinib（BLU-667），已經被開發出來，允許有效和持續的靶向抑制，與MKIs相比，已證明具有顯著的療效和良好的安全性。

所以，對單個癌癥的基因組驅動因素的進一步了解，加上結構生物學的進展，使得能夠開發出合理的、適合于特定目的的藥物，這種選擇性抑制劑的產生對于優化耐受性和治療效果至關重要。

耐藥性

在設計藥物時，應考慮原發性和獲得性耐藥的潛在機制。考慮因素包括由藥物滲透性引起的耐藥性以及繼發于分子改變的耐藥性。

對于腦轉移常見的癌癥，包括NSCLC、乳腺癌和黑色素瘤，確保針對這些癌癥關鍵基因組改變的藥物具有足夠的中樞神經系統（CNS）滲透性已成為一個關鍵設計參數。雖然代ALK抑制劑crizotinib可實現高初始全身疾病控制率，但腦部滲透性差導致多達60%的患者在接受治療時出現CNS進展。對新一代ALK抑制劑的前瞻性評估表明，大腦內的疾病控制顯著改善，終有助于提高無進展生存率和總生存率。

除了由藥物滲透性決定的耐藥性外，藥物開發越來越多地考慮到靶向獲得性耐藥性的預測機制。例如，連續幾代的ALK抑制劑被專門設計針對突變來維持結合效力。

異構體和突變選擇性抑制劑

認識到更多的選擇性治療往往具有更好的療效和耐受性，一些策略被用來更具體和直接地抑制致癌驅動因素，包括開發異構體和突變選擇性抑制劑。

例如，PI3K途徑是癌癥中常見的突變途徑之一，但早期用pan-PI3K抑制劑僅顯示出有限的療效。相比之下，亞型選擇性PI3K抑制劑相對于pan-PI3K和雙PI3K/mTOR抑制劑顯示出更好的療效。此外，異構體特異性抑制劑可將歸因于“脫靶"異構體的毒性減少。

近年來，藥物的選擇性已經超越了異構體的選擇性，向單個突變等位基因發展。這種選擇性允許抑制突變的致癌蛋白，同時保留野生型蛋白。

KRAS是癌癥中常見的突變癌基因之一，但盡管它被認為是一個關鍵的致癌驅動因素，但一直以來它被認為是不可成藥的，部分原因是缺乏可靶向的結合位點。然而，的設計允許與KRAS G12C的突變半胱氨酸發生反應，形成不可逆的結合并將蛋白質鎖定在其非活性結合狀態。在缺乏這種突變半胱氨酸的情況下，這些共價抑制劑不會與野生型KRAS發生反應，從而保護正常組織。KRAS G12C抑制劑I期試驗的早期結果證明了這種靶向突變的有效性和安全性。

抗體偶聯藥物（ADC）

另一種提高治療指數的方法是使用抗體偶聯藥物。通過將細胞毒性有效載荷直接連接到靶向抗體，ADC被設計為可擴展傳統細胞毒性藥物的治療窗口。

目前，已有多個此類藥物開始在臨床上得到應用。例如，ADC藥物trastuzumab deruxtecan（DS8201）是由與細胞毒性拓撲異構酶I抑制劑deruxtecan偶聯到抗HER2抗體曲妥珠單抗組成。這種藥物在HER2驅動的癌癥中表現出的活性，包括HER2+的乳腺癌和胃癌，以及在HER2低表達的乳腺癌中也具有很好的活性，而在這類病人， HER2靶向治療在很大程度上往往是無效的。確定適合ADC開發的腫瘤特異性靶點并優化這些工程藥物的安全性將是其進一步開發和利用的關鍵。

變構抑制劑

傳統上，大多數小分子抑制劑都以ATP結合位點為靶點。近，基于結構的藥物設計、具有動態模擬的計算化學以及高通量藥物篩選方法的進展共同促成了非ATP競爭性抑制劑的開發，這些抑制劑結合了新的變構位點。

這些變構抑制劑可克服由已驗證靶點活性位點突變介導的靶點耐藥，并可抑制先前不可成藥的蛋白。例如，靶向BCR-ABL融合陽性的變構抑制劑asciminib（ABL001）已經進入臨床，并在已使用多種ATP競爭性抑制劑治療的頑固性耐藥AML患者中證明了藥效。另一個正在積極探索的方法是將選擇性ATP競爭性抑制劑和變構抑制劑聯合應用，這可能共同延緩甚至阻止獲得性耐藥性的發展。

變構抑制劑也可以使治療針對以前無法靶向的目標。例如，磷酸酶SHP2與SOS1一起在促成核苷酸交換方面發揮重要作用，使RAS在其非活性GDP結合態和激活GTP結合態之間循環。磷酸酶以前被認為是不具吸引力的藥物靶點，但變構抑制劑可以改變SHP2的構象并消除其活性，這在臨床前動物模型中已證明了藥效，目前，一些臨床試驗正在進行中。

蛋白水解靶向嵌合體（PROTACS）

另一種新出現的靶向關鍵癌癥驅動因子的方法是PROTACS，這種方法通常使用雙功能分子，使目標蛋白接近泛素連接酶，終導致目標蛋白降解。

這項技術在癌癥治療中的應用還處于起步階段，與關鍵癌基因的變構抑制劑一樣，這種技術可能會克服由已驗證靶點活性位點突變介導的靶點耐藥，并可抑制先前不可成藥的蛋白。許多癌癥的關鍵驅動因素，包括轉錄因子，都不能被目前可用的治療方法靶向，要么是因為它們不在細胞表面表達，因此抗體無法接近，要么是因為它們缺乏小分子抑制劑可以附著的結合囊。PROTACs可以克服這些挑戰，通過同時結合靶點和E3泛素連接酶來利用細胞的內源性蛋白質降解機制，促進蛋白質降解。

ARV-110是個進入I期臨床試驗的藥物，它將前列腺癌患者的E3泛素連接酶與雄激素受體聯系起來（NCT03888612）。這種降低細胞蛋白水平的新方法可以有效地靶向許多以前不可治療的靶點。

蛋白質復性

通過塑造蛋白質構象來恢復突變蛋白質的自然功能，從而重新啟用失去的活性，目前，這類小分子藥物正在得到開發。

這一策略已經在囊性纖維化的治療中被證明是成功的，囊性纖維化是一種非腫瘤遺傳性疾病，其特征是編碼囊性纖維化跨膜傳導調節蛋白（CFTR）的基因突變導致粘液分泌過多。通過重新使CFTR到達細胞表面并發揮與野生型蛋白類似的功能，蛋白質復性藥物減少了囊性纖維化的臨床后遺癥。

蛋白質復性在癌癥中的應用目前正在探索中，它代表了靶向突變腫瘤抑制因子的一種新方法。腫瘤抑制因子TP53的功能缺失突變是癌癥中常見的突變。然而，目前還沒有專門針對TP53突變癌癥的治療方法，通過蛋白質復性恢復突變體TP53活性的小分子正在研發中。除了擴大可能的藥物靶點的數量外，這種方法還提供了額外的益處，比如降低了毒性。

為了限度地發揮基因組驅動腫瘤學的優勢，必須優化現有療法的使用。合理的治療順序和開發協同和可耐受的組合，在患者治療過程中適當的時間給予新的治療可能會提高療效。

盡早應用以減少耐藥性

新的治療方法通常是在那些從現有標準治療中獲得利益的疾病患者身上進行測試。然而，使用EGFR和ALK抑制劑的經驗表明，在出現耐藥性之前，盡早應用我們的藥物可能會改善療效。

使用代和第二代EGFR酪氨酸激酶抑制劑（TKIs）治療的EGFR突變NSCLC患者中，超過50%獲得EGFR T790M突變。Osimertinib是為了克服T790M突變而開發的，初是在先前TKIs進展的患者中進行的。

然而，近的證據表明，與代EGFR TKIs治療的患者相比，當患者接受osimertinib作為一線治療時，有效地防止T790M介導的耐藥，總生存率顯著增加。因此，藥物開發模式應該鼓勵對下一代抑制劑進行早期患者測試。

輔助和新輔助治療

大多數治療是針對復發或轉移性癌癥患者的，這類患者的目標往往是延長生命，并不指望治愈。而恰恰相反，治療的機會可能是早期疾病患者，有效的治療有可能提高。

在HER2陽性乳腺癌患者中，在化療中加入HER2單克隆抗體曲妥珠單抗可顯著提高10年生存率。輔助靶向治療也是3期BRAF V600E突變黑色素瘤和KIT表達胃腸道間質瘤患者的標準治療，基于3期試驗已證明了無病生存期的益處。

對于具有高應答率的靶向治療，新輔助治療可用于將不能切除的腫瘤轉化為可手術切除的疾病，從而提供治愈的機會。例如，盡管larotrectinib被開發用于對標準治療無反應的晚期TRK融合陽性癌癥，但新輔助larotrectinib已成功用于兒童肉瘤患者以縮小腫瘤并允許切除。雖然需要進一步的研究來確定這種新輔助方法的應用場合，但很明顯，早期使用有效藥物可能會顯著改善一部分患者的預后。

聯合治療

聯合治療可用于提高療效、降低毒性和/或防止耐藥性的出現。在BRAF V600突變型黑色素瘤中，與BRAF單獨抑制相比，BRAF和MEK聯合抑制可延長生存期并降低皮膚毒性。

除了預防原發性耐藥外，合理的組合可以有效治療繼發性耐藥。隨著進展后活檢變得越來越普遍，越來越多的報道出現了脫靶耐藥性。當獲得性改變本身具有靶向性時，測序數據為同時針對主要和獲得性驅動因素的合理治療組合提供了機會。例如，在TATTON臨床試驗中，對獲得性MET擴增的EGFR突變NSCLC患者聯合應用osimertinib和MET抑制劑savolitinib治療。Savolitinib能夠恢復對osimertinib的敏感性。

腫瘤的分子特征分析已經使我們能夠開發出成功的靶向治療，造福了無數的患者。然而，分子定向研究也強調了預測哪些患者可能對治療作出反應的復雜性，此外，許多基因組驅動因素仍然“不可成藥"，或由于目前治療的耐受性而無法有效地靶向。因此，我們必須從以前的成功和失敗中吸取教訓，以優化藥物設計，開發創新的新治療方法，并且持續改進患者與治療的匹配方式，實現更有效的靶向治療，開創腫瘤治療的新時代。