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qPCR進(jìn)階攻略——帶你玩轉(zhuǎn)儀器設(shè)置!
熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)是分子實(shí)驗(yàn)室常用的一項(xiàng)技術(shù)。持續(xù)關(guān)注小翊的應(yīng)該都掌握了高質(zhì)量cDNA的獲取方法,引物設(shè)計(jì)指南以及反應(yīng)體系的配制技巧(還未get的小伙伴戳文末鏈接),然而上機(jī)時(shí),發(fā)現(xiàn)和別人的反應(yīng)條件不一致卻又不敢動(dòng)儀器?本期小翊將帶你玩轉(zhuǎn)qPCR儀器的設(shè)置!目前市面上的qPCR儀器種類(lèi)五花八門(mén),但基本上儀器的設(shè)置都相對(duì)一致。我們以ABI7500為例進(jìn)行介紹。反應(yīng)板設(shè)置實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇:我們將實(shí)驗(yàn)命名為“Yeasen”,進(jìn)行“Quantitation:ΔΔCt”實(shí)驗(yàn)。實(shí)驗(yàn)方法選擇:如選用SYBRGre -
逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)做不好,是不是引物出了問(wèn)題?
實(shí)驗(yàn)室常用到的實(shí)驗(yàn):逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)人員通過(guò)體外模擬病毒復(fù)制過(guò)程,以提取的RNA為模板,使用逆轉(zhuǎn)錄酶催化,合成出與RNA互補(bǔ)的cDNA鏈。終構(gòu)建cDNA文庫(kù),并從中篩選所需的靶標(biāo)基因。BUT!小伙伴們做逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)時(shí),1)有沒(méi)有深究過(guò)RNA逆轉(zhuǎn)錄出的cDNA能不能真實(shí)反映出基因表達(dá)信息?2)做實(shí)驗(yàn)時(shí),有沒(méi)有發(fā)生過(guò)內(nèi)參做的很好,目的基因做不出的情況?如果有發(fā)生上述情況,那么需要重新評(píng)估逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)結(jié)果的有效性。逆轉(zhuǎn)錄結(jié)果有效性的評(píng)定逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)結(jié)果有效性的評(píng)定重要的是盡可能反映樣本中原始RNA模板的信息, -
測(cè)序數(shù)據(jù)不好?是不是建庫(kù)出了問(wèn)題?!
HB190313測(cè)序數(shù)據(jù)不好?是不是建庫(kù)出了問(wèn)題?!——從測(cè)序數(shù)據(jù)看文庫(kù)構(gòu)建高通量測(cè)序中的文庫(kù)構(gòu)建指的是在DNA兩端連接特定的接頭從而使其符合測(cè)序平臺(tái)要求的過(guò)程,在高通量測(cè)序過(guò)程中,文庫(kù)質(zhì)量直接影響終測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量,打個(gè)比方,如果文庫(kù)上機(jī)測(cè)序的濃度很低,樣本在FlowCell上擴(kuò)增所形成的DNA樣本簇就會(huì)很少,測(cè)序數(shù)據(jù)量也將減少,這就可能導(dǎo)致測(cè)序失敗,所以我們說(shuō)文庫(kù)的質(zhì)量控制和質(zhì)量評(píng)估也是NGS中的關(guān)鍵步驟。文庫(kù)如何質(zhì)控?評(píng)估文庫(kù)質(zhì)量的方法有哪些?n文庫(kù)質(zhì)控:文庫(kù)在上機(jī)之前都有會(huì)進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè),質(zhì) -
這有一份FFPE樣本建庫(kù)的檔案,還不趕緊Pick?什么是FFPE?FFPE(Formalin-FixedandParrffinEmbedded),即福爾馬林固定石蠟包埋樣本。由于這種處理方法能夠較長(zhǎng)時(shí)間地保存組織或制備檢驗(yàn)所需的組織標(biāo)本,所以在臨床病理檢驗(yàn)、腫瘤基因檢測(cè)中應(yīng)用廣泛。在世界范圍內(nèi),大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫(kù)中,其中絕大多數(shù)是使用福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理的樣品。FFPE樣本通常代表了珍貴且來(lái)源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料,為闡明疾病機(jī)制、回顧性研究等提供了寶貴的資
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系統(tǒng)介紹鏈脲佐菌素(STZ)誘導(dǎo)的糖尿病疾病模型
翊圣生物提供高成功率糖尿病建模用STZ:純度≥98%(HPLC測(cè)定)。產(chǎn)品名稱(chēng)貨號(hào)規(guī)格*(元)Streptozocin鏈脲佐菌素60256ES60100mg156.00Streptozocin鏈脲佐菌素60256ES76500mg386.00Streptozocin鏈脲佐菌素60256ES801g676.00文章包含以下知識(shí)點(diǎn)1.STZ誘導(dǎo)糖尿病模型的構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)SOP2.STZ誘導(dǎo)糖尿病模型建模效果評(píng)估指標(biāo)3.STZ誘導(dǎo)糖尿病模型的失敗原因解析4.STZ誘導(dǎo)小/大鼠死亡率高的原因解析5.糖尿病建模 -
什么是DNA甲基化DNA甲基化(DNAmethylation)是DNA化學(xué)修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下改變遺傳表現(xiàn)。DNA甲基化是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下,在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共價(jià)鍵結(jié)合一個(gè)甲基基團(tuán)。DNA甲基化的結(jié)果,一般是使甲基化位點(diǎn)的下游基因表達(dá)量變少。圖1:DNA甲基化原理圖為什么研究DNA甲基化DNA甲基化是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化在維持細(xì)胞正常功能、傳遞基因組印記、胚胎發(fā)育、腫瘤發(fā)生等方面發(fā)揮重要作
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小分子化合物專(zhuān)題一、信號(hào)通路信號(hào)通路是指當(dāng)細(xì)胞里要發(fā)生某種反應(yīng)時(shí)信號(hào)從細(xì)胞外到細(xì)胞內(nèi)傳遞了一種信息,細(xì)胞要根據(jù)這種信息來(lái)做出反應(yīng)的現(xiàn)象。信號(hào)通路(signalpathway)的提出早可追溯到1972年,不過(guò)當(dāng)時(shí)被稱(chēng)為信號(hào)轉(zhuǎn)換(signaltransmission)。1980年M.Rodbell在一篇綜述中提到信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(signaltransduction),此后該概念就被廣泛使用了。信號(hào)通路是指能將細(xì)胞外的分子信號(hào)經(jīng)細(xì)胞膜傳入細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮效應(yīng)的一系列酶促反應(yīng)通路。這些細(xì)胞外的分子信號(hào)(稱(chēng)為配體,l
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新品速遞---“一步法”建庫(kù)試劑盒-----HieffNGS®OnePotDNALibraryPrepKitforIllumina®?產(chǎn)品背景:DNA文庫(kù)的構(gòu)建是二代測(cè)序前期的核心環(huán)節(jié)。目前市面上推廣的建庫(kù)試劑盒主要有常規(guī)建庫(kù)試劑盒以及轉(zhuǎn)座酶法快速建庫(kù)試劑盒。常規(guī)試劑盒需要購(gòu)買(mǎi)單獨(dú)的片段化模塊或者采用機(jī)械法進(jìn)行片段化,機(jī)械法片段化對(duì)DNA分子有一定的損傷,影響文庫(kù)質(zhì)量。轉(zhuǎn)座酶法試劑盒都是針對(duì)特定InputDNA量的樣本進(jìn)行建庫(kù),并且存在一定的偏好性,影響測(cè)序質(zhì)量。HieffNGS®OnePotD