基于SWATH-MS的蛋白質(zhì)組學(xué)在臨床研究中的應(yīng)用與方案檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在現(xiàn)代臨床研究中，探索疾病的分子機(jī)制、尋找早期診斷標(biāo)志物以及指導(dǎo)個(gè)體化治療成為核心課題。dànbáizhì組學(xué)作為連接基因表達(dá)與表型變化的關(guān)鍵研究手段，已被廣泛應(yīng)用于腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域。近年來(lái)，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Mass Spectra）技術(shù)作為一種數(shù)據(jù)獨(dú)立采集（DIA）模式，因其高重復(fù)性、高通量和廣覆蓋性，在臨床dànbáizhì組學(xué)研究中日益受到重視。

一、SWATH-MS技術(shù)簡(jiǎn)介

SWATH-MS是質(zhì)譜技術(shù)中以“全面掃描"為核心的數(shù)據(jù)采集策略。在SWATH分析中，質(zhì)譜儀將全m/z范圍劃分為多個(gè)連續(xù)的窗口，對(duì)所有母離子進(jìn)行系統(tǒng)性碎裂，進(jìn)而捕獲幾乎所有可檢測(cè)肽段的MS/MS信息。

?? SWATH-MS的優(yōu)勢(shì)：

• 高重復(fù)性：能夠在不同批次、不同樣本間獲得穩(wěn)定的數(shù)據(jù)；

• 定量范圍廣：涵蓋高低豐度蛋白；

• 信息留存度高：原始數(shù)據(jù)可在不同研究目標(biāo)下多次解析。

二、SWATH-MS在臨床研究中的核心應(yīng)用

在臨床轉(zhuǎn)化研究中，SWATH-MS技術(shù)支持多種研究路徑，能夠?qū)膊〉脑缙诎l(fā)現(xiàn)、進(jìn)展監(jiān)測(cè)和療效評(píng)估提供蛋白層面的jīngzhǔn依據(jù)。

1、疾病標(biāo)志物篩選

SWATH-MS技術(shù)適合處理大規(guī)模臨床樣本，通過(guò)構(gòu)建全譜數(shù)據(jù)集與高質(zhì)量離子庫(kù)，可系統(tǒng)性挖掘差異表達(dá)蛋白，并輔助構(gòu)建基于dànbáizhì表達(dá)的分類模型。

2、預(yù)后評(píng)估與分子分型

對(duì)于進(jìn)展緩慢或臨床異質(zhì)性大的疾病，SWATH-MS可用于構(gòu)建分子分型方案。結(jié)合多組樣本間的蛋白表達(dá)模式，研究者可挖掘不同亞型患者在蛋白水平上的表達(dá)特征，從而為臨床提供更加精細(xì)化的分類依據(jù)，并與臨床結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

3、藥物響應(yīng)監(jiān)測(cè)

臨床藥物研發(fā)中，個(gè)體化治療方案需基于患者對(duì)藥物的響應(yīng)機(jī)制建立判斷標(biāo)準(zhǔn)。SWATH-MS可用于對(duì)比藥物處理前后的蛋白表達(dá)變化，輔助識(shí)別作用靶點(diǎn)或調(diào)控通路，并分析治療響應(yīng)與蛋白表達(dá)之間的關(guān)系，為機(jī)制研究和伴隨診斷開(kāi)發(fā)提供數(shù)據(jù)支持。

4、多組學(xué)整合分析

現(xiàn)代臨床研究已逐步從單組學(xué)向多組學(xué)融合演進(jìn)。SWATH-MS生成的高通量蛋白數(shù)據(jù)可與轉(zhuǎn)錄組、基因組、代謝組等數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，增強(qiáng)研究對(duì)生物通路、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的理解，并助力構(gòu)建系統(tǒng)層面的疾病模型。

三、SWATH-MS在臨床研究中的實(shí)施方案

SWATH-MS技術(shù)的實(shí)施效果高度依賴研究方案的設(shè)計(jì)合理性。以下是幾個(gè)關(guān)鍵步驟：

1、樣本選擇與預(yù)處理

臨床樣本往往來(lái)源復(fù)雜，包括血清、組織、尿液等。SWATH-MS對(duì)樣本制備的標(biāo)準(zhǔn)化要求較高，推薦采用一致的前處理流程（如蛋白抽提、酶解、脫鹽）以控制樣本間的技術(shù)變異。此外，樣本采集時(shí)間點(diǎn)的統(tǒng)一也是保證生物學(xué)一致性的前提。

2、建立高質(zhì)量離子庫(kù)

離子庫(kù)決定了SWATH數(shù)據(jù)中dànbáizhì的識(shí)別能力。常規(guī)做法是通過(guò)DDA模式在代表性樣本中建立初始離子庫(kù)，覆蓋盡可能多的肽段信息。也可考慮整合已有公共數(shù)據(jù)庫(kù)，或利用多樣本混合策略增強(qiáng)離子庫(kù)的普適性。

3、數(shù)據(jù)采集參數(shù)優(yōu)化

采集窗口的數(shù)量與寬度需根據(jù)儀器性能和樣本復(fù)雜度權(quán)衡設(shè)定。較窄的窗口可提高選擇性，但增加循環(huán)時(shí)間；反之則影響低豐度肽段的識(shí)別率。因此應(yīng)通過(guò)預(yù)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行優(yōu)化，確保在覆蓋范圍和定量精度間取得平衡。

4、數(shù)據(jù)解析與生物信息學(xué)分析

SWATH-MS的數(shù)據(jù)處理依賴成熟的軟件工具（如OpenSWATH、DIA-NN、Spectronaut等），可進(jìn)行肽段識(shí)別、峰面積提取、歸一化與差異分析。后續(xù)可結(jié)合通路富集分析、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及臨床指標(biāo)相關(guān)性分析，挖掘具有臨床意義的蛋白特征。

SWATH-MS技術(shù)以其全面、穩(wěn)定、可擴(kuò)展的特點(diǎn)，正在成為臨床dànbáizhì組學(xué)研究的關(guān)鍵平臺(tái)。它為疾病標(biāo)志物篩選、分子分型、藥物響應(yīng)分析等提供了可靠的定量數(shù)據(jù)支持，也為多組學(xué)整合研究提供了堅(jiān)實(shí)的蛋白基礎(chǔ)。百泰派克生物科技長(zhǎng)期關(guān)注SWATH-MS及其他dànbáizhì組學(xué)技術(shù)在臨床研究中的應(yīng)用，致力于為科研人員提供高質(zhì)量的SWATH定量蛋白組學(xué)服務(wù)，加速?gòu)姆肿影l(fā)現(xiàn)到臨床轉(zhuǎn)化的全過(guò)程。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

基于SWATH-MS的蛋白質(zhì)組學(xué)在臨床研究中的應(yīng)用與方案檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹