如果反应结束后，水中残留的Fe^{3+}浓度较高，Fe^{3+}会水解生成氢氧化铁胶体或沉淀，从而使水呈现黄色。
有机物氧化不wan全
- 芬顿反应的目的是通过产生羟基自由基（\cdot OH）来氧化降解水中的有机物。

但如果有机物浓度过高、反应时间不足、芬顿试剂投加量不够等，导致有机物不能被wan全氧化，可能会生成一些中间产物，这些中间产物可能具有一定的颜色，使出水呈现黄色。
水质本身的特性
- 原水中可能含有一些带色的物质，如天然有机物中的腐殖质等，芬顿反应对这些物质的去除效果有限，或者在反应过程中这些物质的结构发生改变，但其颜色并未wan全褪去，从而导致出水仍呈现黄色。
反应条件控制不当
- 芬顿反应需要在一定的pH值范围内进行，通常最佳pH值在2 - 4之间。

如果pH值过高或过低，都会影响反应的进行，使反应效率降低，导致铁离子的存在形态发生变化，进而使出水颜色变黄。另外，反应温度也会对芬顿反应产生影响，温度过高或过低都可能导致反应不wan全，使出水出现黄色。