在气相色谱仪使用过程中，检测器有时受固定相流失及样品中的高沸点成分、易分解及腐蚀性物质的作用而被污染，以至不能正常进行工作，因而会遇到如何清洗检测器的问题。若污染的物质仅限于高沸点成分，通常可将检测器加热至使用温度上限后，再通入载气，就可清除。如用加热法不适宜，也可以用纯的丙酮等溶液从进样口注入（每次可注入几十微升）进行清洗，这在污染程度较轻时是有效的。

  若以上方法都不能解决污染问题，应将检测器拆卸下进行清洗，先选择适宜溶剂，要既能溶解污染物，又不能损坏检测器，用注射器注入测量池进行清洗。若有条件，用超声波清洗就更理想些，要注意的是：清洗过的部分不能用手摸。

  当污染不太严重时，可不必卸下清洗，此时只需要将色谱柱取下，用一根管子将进样口与检测器联接起来，然后通载气并将检测器炉温升至120度以上，从进样口先注入20微升左右的蒸馏水，再用几十微升丙酮或氟里昂等溶剂进行清洗。在此温度下保持1-2小时检查基线是否平稳，若仍不满意可重复上述操作或卸下清洗。

  当污染比较严重时，必须拆卸下来清洗。先拆卸收集极，正极，喷嘴等，若喷嘴是石英材料制成的，先将其放在水中进行浸泡过夜。若喷嘴是不锈钢等材料制成，则可与电极等一起，先小心用细砂纸（300-400#）打磨，再用适当溶剂（浸泡如甲醇与苯1：1），也可以用超声波清洗，然后用甲醇洗净，放置于烘箱中烘干。注意勿用含卤素的溶剂（如氯仿、二氯甲烷等）。以免与聚四氟乙烯材料作用，导致噪声增加。

  洗净后的各个部件，要用镊子夹取，勿用手摸。烘干后装配时也要小心，否则会再度污染。装入仪器后，先通载气30分钟，再点火升高检测器温度，建议先在120度保持数小时之后，再升至工作温度。