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MRM（Multiple Reaction Monitoring，多反应监测）和PRM（Parallel Reaction Monitoring，平行反应监测）是两种靶向定量蛋白质组学的技术路线。以下是进行MRM/PRM定量蛋白组学分析的一般步骤：
一、样品准备
1.蛋白提?。捍酉赴?、组织或其他生物样品中提取蛋白质。
2.蛋白处理：可能包括蛋白还原、烷基化、酶切等步骤，以将蛋白质转化为适合质谱分析的肽段。
二、MRM/PRM方法开发
1.目标蛋白和肽段选择：基于研究目的和已有信息，选择需要定量的目标蛋白和对应的特异肽段。
2.同位素标记：如需要绝对定量，可使用同位素标记的目标肽段作为内参。
3.MRM/PRM方法建立：利用三重四级杆质谱仪（QQQ）或高分辨质谱仪（如Orbitrap系列），根据目标肽段的特性，建立MRM或PRM方法。这包括确定母离子、碎裂离子、碰撞能量等参数。
三、质谱分析
1.样品进样：将处理好的样品进入质谱仪进行分析。
2.数据采集：在MRM模式下，质谱仪会针对预设的母离子进行筛选、碎裂，并采集选定MS/MS2离子的质谱信号。在PRM模式下，则是对目标肽段的母离子进行碎裂，并采集二级质谱中所有碎片信息。
四、数据分析
1.质谱数据解析：使用专门的数据分析软件（如Skyline）对采集的质谱数据进行解析，提取目标肽段的信号强度。
2.定量结果计算：根据同位素标记肽段的信号强度，计算目标蛋白的绝对定量结果；或根据目标肽段与内参肽段的信号强度比，计算相对定量结果。
3.生物信息学分析：对定量结果进行进一步的生物信息学分析，如差异表达分析、功能注释等。
五、结果验证与解释
1.方法验证：通过对比已知浓度的标准品或与其他定量方法（如Western Blot）的结果进行对比，验证MRM/PRM方法的准确性和可靠性。
2.结果解释：结合研究背景和生物信息学分析结果，对定量结果进行解释和讨论。
技术特点与应用
MRM技术：
特点：检测速度快、离子筛选能力强、仪器稳定性好、定量准确性高。
应用：适合对特定小群目标蛋白进行大批量样本的定量检测，尤其是临床大队列样本。
PRM技术：
特点：操作简便、检测成本低、可靶向监测的离子数量多。
应用：适合小批量样本、较多目标蛋白靶向定量检测的实验需求。
MRM/PRM定量蛋白组学分析是一种高精准度的蛋白定量鉴定技术，通过合理的样品准备、方法开发、质谱分析、数据分析和结果验证步骤，可以对复杂样品中的多个目标蛋白进行精准定量研究。
MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程
MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程
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