慢病毒背景
慢病毒載體(Lentiviral vectors, LVs)是在人免疫缺陷病毒HIV-1的基礎(chǔ)上改造而來的,可以將大量的遺傳信息傳遞進(jìn)宿主細(xì)胞,并且整合到細(xì)胞的基因組內(nèi),使其可以在細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)定表達(dá)若干代。同時,由于它的毒力基因已經(jīng)被剔除,作為假病毒可以在實(shí)驗室內(nèi)較為安全的使用。慢病毒載體可以轉(zhuǎn)染多種細(xì)胞,包含原代細(xì)胞等難轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。
慢病毒在Car-T細(xì)胞療法中的應(yīng)用
基于慢病毒具有:
感染范圍廣、效率高,有效感染分裂和非分裂的細(xì)胞;
穩(wěn)定性強(qiáng),整合進(jìn)基因組中,長期穩(wěn)定表達(dá)外源的基因;
免疫原性低,安全性相對較高的特點(diǎn),慢病毒被廣泛應(yīng)用于細(xì)胞治療中。
CAR-T(Chimeric Antigen Receptor T-cell,嵌合抗原受體T細(xì)胞)療法是一種突破性免疫療法,通過基因改造患者的T細(xì)胞,使其表達(dá)特定的CAR(嵌合抗原受體),從而識別并殺傷腫瘤細(xì)胞。目前主要用于血液系統(tǒng)惡性腫瘤(如B細(xì)胞白血病、淋巴瘤),并逐步向?qū)嶓w瘤拓展。
慢病毒整合的特性
慢病毒是目前CAR-T主流轉(zhuǎn)導(dǎo)方式(FDA已批準(zhǔn)的CAR-T產(chǎn)品中,約90%采用LV),慢病毒整合在細(xì)胞內(nèi)是半隨機(jī)整合(偏好轉(zhuǎn)錄活躍區(qū))。
1
慢病毒通過識別宿主表面受體,把RNA和蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)至胞內(nèi);
2
病毒RNA逆轉(zhuǎn)錄形成線性 雙鏈cDNA(含兩端LTR序列)
3
整合酶識別LTR,cDNA被整合到宿主基因組中;
4
外源基因隨宿主細(xì)胞分裂持續(xù)表達(dá)。
整合偏好性:
整合位點(diǎn)分析(Integration Site Analysis, ISA)是基因治療產(chǎn)品(如CAR-T)臨床開發(fā)和上市后監(jiān)測的關(guān)鍵環(huán)節(jié),其法規(guī)要求由各國監(jiān)管機(jī)構(gòu)(如FDA、EMA)制定,旨在評估基因組整合的潛在風(fēng)險(如插入突變、克隆擴(kuò)增)。
目前檢測ISA的方法有LM-PCR、NGS、單細(xì)胞測序等,為了保證檢測的準(zhǔn)確性,科佰生物開發(fā)了一系列慢病毒整合位點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)品供檢測機(jī)構(gòu)使用,作為品質(zhì)衡量的標(biāo)尺對檢測能力進(jìn)行判別。在前文 慢病毒整合位點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)品強(qiáng)勢來襲一文中,已對單克隆多插入位點(diǎn)、單克隆單插入位點(diǎn)、性染色體插入位點(diǎn) 做了產(chǎn)品的說明及數(shù)據(jù)展示。近期科佰推出了5% 2% 整合頻率的慢病毒多克隆多整合位點(diǎn)參考品,由多個單克隆整合位點(diǎn)產(chǎn)品混合而來,覆蓋20個插入位點(diǎn),分別來自11個不同染色體上的20個基因,如下表所示
Figure 1. 基因分布
Figure 2. 染色體分布
每個位點(diǎn)經(jīng)過LM-PCR(用于識別已知DNA與相鄰未知DNA的一種技術(shù),可結(jié)合NGS,對IS進(jìn)行高通量分析)、 NGS(捕獲探針法測序)技術(shù)檢測,Sanger測序驗證,以及dPCR檢測定標(biāo)整合頻率,確保插入位點(diǎn)的準(zhǔn)確定位和整合頻率的精準(zhǔn)測量。
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產(chǎn)品列表
貨號 | 名稱 |
CBPL0007 | 慢病毒多克隆多整合位點(diǎn)參考品-5% |
CBPL0008 | 慢病毒多克隆多整合位點(diǎn)參考品-2% |
部分?jǐn)?shù)據(jù)展示:
5% chr3:4871944 ITPR1四種檢測結(jié)果:
LM-PCR結(jié)果
NGS結(jié)果
Sanger結(jié)果
3'LTR+ITPR1 chr3_4871940
ITPR1 chr3_4871944+5'LTR
dPCR結(jié)果
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