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气相色谱柱的极性和非极性主要有柱种类、分离顺序、柱温三种区别。
1、柱种类不同：
气相色谱柱非极性固定液的柱子包括烃类和硅氧烷类；气相色谱柱极性固定液的柱子主要是聚乙二醇类。
2、分离顺序不同：
气相色谱柱非极性柱分离顺序主要是根据试液沸点，而气相色谱柱极性柱子分离顺序除了沸点之外还和物质的极性有关系。
3、柱温不同：
气相色谱柱极性柱子的使用温度比气相色谱柱非极性柱子的使用温度更低，这特性使得气相色谱柱非极性柱子更适合沸点高的物质分析。
气相色谱柱分为哪几种
1. 按柱粗细可分为一般填充柱和毛细管柱两类。
填充色谱柱：多用内径4～6mm的不锈钢管制成螺旋形柱管，常用柱长2～4m。填充液体固定相（气-液色谱）或固体固定相（气-固色谱）。
毛细管色谱柱：柱管为毛细管，常用内径0.1～0.5mm的玻璃或弹性石英毛细管，柱长几十米至百米。
毛细管色谱柱按填充方式可分为开管毛细柱及填充毛细柱。
2. 按分离机制可分为分配柱和吸附柱等，它们的区别主要在于固定相。
分配柱：一般是将固定液（高沸点液体）涂渍在载体上，构成液体固定相，利用组分的分配系数差别而实现分离。将固定液的官能团通过化学键结合在载体表面，称为化学键合相（chemically bonded phase），不流失是其优点。
吸附柱：将吸附剂装入色谱柱而构成，利用组分的吸附系数的差别而实现分离。除吸附剂外，固体固定相还包括分子筛与高分子多孔小球等。
一般情况来说，常用的还是非极性气相色谱柱，但不能说用通用或不通用来解释。
这是因为，我们知道，一般性况下，在相同的条件下物质的极性越强，杂原子越多，越容易发生反应，所以相对于非极性色谱柱，极性色谱柱的使用寿命一般更短，更易损坏，使用温度更低一些。
如果能够达到分离要求，我们当然要使用更耐用的非极性色谱柱了。所以，我们一般使用气相色谱柱还是使用非极性色谱柱多一些，也就是一般相对来说的通用的色谱柱了。
但我们有很多情况下，在分离极性物质时因为分离问题要必须使用极性色谱柱才能达到分离要求，而这时，用极性色柱却成了通用色谱柱了。
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