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食品中的微生物可以通过使用食品微生物检测仪，判断食品的卫生情况。食品的微生物污染属于生物性污染，大多是指食品受到外界微生物的污染。引起食品中的微生物种类有很多，如细菌、霉菌等，微生物可以通过各种直接或间接的方式进入食品中，并不断的在食品中生长繁殖，较终引起食品的腐败变质。由于微生物分布广泛，繁殖速度快，适应能力强，所以在自然界中的土壤、空气、水体、动物体内都广泛存在，不同的环境中其微生物的种类也有所不同。
食品在生产、加工、孕畜、储藏及销售的等一系列过程中都有可能遭受到微生物的污染，主要是通过水体、空气、人及动物、用具及杂物中微生物污染。虽然我们会使用食品微生物检测仪检测食品中的微生物含量，避免其影响到人体的健康，但是微生物污染会导致食品的腐败变质，较终会影响到食品市场的收益，那么我们应该如何防治食品微生物的污染产生呢？
由于微生物的污染途径不同所以才去的防治措施也会有所不同。食品受到微生物污染主要有食品加工前、食品加工过程中及食品加工后，为了确保食品的卫生质量，首先需要确保食品中的原料微生物含量的减少，加强环境卫生、食品卫生的监督管理，随时采用食品微生物检测仪对食品及加工环境进行检测。其次要做好污水及垃圾的管理工作，环境卫生对于食品的影响很大，而这也是我们常常忽略掉的一点。同时还要确保食品包装材料以及运输工具、销售环境的卫生质量情况，及时监督检测，确保环境安全卫生。
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