由于农药的品种繁多，各种农药的化学结构各异，同时中药中自身的化学成分性质若于农药相近，会对检测造成干扰。中药材中农药的残留属于痕量级，所有这些决定了中药材中农药残留的检测难度很大，因此检测方法也是不断发展的，到目前为止，用于中药材中农药残留量检测的方法有以下几种：

①、气相色谱法（GC）：此法是农药残留检测的主要分析手段，在有机磷和有机氯农药的检测中仍占据优势。

②、液相色谱法（HLPC）：此法适用于分析热不稳定及强极性农药及其代谢产物，且可以与柱前提取、纯化、柱后荧光衍生化反应及MS联用，易实现分析自动化。现常用于氨基甲酸酯类化合物的分析测定

③、薄层色谱法（TLC）：主要用于定性分析，方法简单，可同时分析多个样品，常用于复杂混合物的分离和筛选

④、酶联免疫吸附法:此法可准确定性定量，适用于现场分析，缺点是由于制备抗体比较困难，因此会出现假阳性或假阴性的结果

⑤、活体生物测定法：此法可定量，用于现场分析，缺点是农药浓度和发光强度的线性不够准确，只能半定量

⑥、原子吸收光谱法：此法适用于无机盐农药的检测