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1、根据体积：保存管分为0.5ml、1.5ml和2.0ml，（在-20℃低温保存时，样品可以接近装满保存管；当温度低于-80℃保存时，由于液体结冰、体积变大，内装液体不应多于管容积的75%，否则会引起管子破裂。）

2、根据管底结构：保存管可分为锥底保存管和可立底保存管。

3、根据管盖的深度：保存管可分为深盖保存管和浅盖保存管。

菌种保存管可保存一般细菌、苛刻菌、霉菌、酵母菌等真菌也可在低温条件下通过菌种保存管保存，因此菌种保存管被广泛应用于临床领域（临床药敏试验菌株的保存）、疾控领域（监测分离到的菌株的保存）、菌种保存中心（菌株的日常取用与保存）以及制药企业（阳性对照菌株保存和取用）等领域。

从原理上讲，所有菌种都可用瓷珠菌种保存管保存。菌种保存的原理是DNA复制时自发突变导致菌种退化，因此要创造代谢不活泼的状态，干燥、低温、缺氧、缺营养的环境，创造的环境越接近此状态，所保存的菌种的时间就越长。

但需要注意的是，由于苛刻菌(如流感嗜血杆菌、脑膜炎萘瑟氏菌)等特殊细菌保存时，需-80℃或更低温度保存，才可以做到更长期的保存。