用于蛋白質(zhì)定量分析的Bottom-Up蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)（Bottom-Up Proteomics）通過(guò)將復(fù)雜dànbáizhì樣本酶解為肽段，再通過(guò)高分辨率質(zhì)譜分析，實(shí)現(xiàn)對(duì)dànbáizhì種類(lèi)和豐度的jīngzhǔn測(cè)定，特別適用于dànbáizhì的定性識(shí)別與dànbáizhì定量分析。隨著生命科學(xué)研究的不斷深入，Bottom-Updànbáizhì組學(xué)在疾病標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)、信號(hào)通路研究和藥物開(kāi)發(fā)中扮演著日益重要的角色。

一、什么是Bottom-Updànbáizhì組學(xué)？

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)，也稱(chēng)“自底向上dànbáizhì組學(xué)"，是一種基于肽段分析來(lái)推斷原始dànbáizhì信息的研究方法。與 Top-Down 方法直接分析完整蛋白不同，Bottom-Up通過(guò)蛋白酶（如yídànbáiméi）將dànbáizhì裂解為多個(gè)小肽段，再對(duì)這些肽段進(jìn)行質(zhì)譜分析。zuì終，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)和算法推斷，識(shí)別并定量dànbáizhì。該技術(shù)具有良好的分離能力和高通量特性，尤其適合處理復(fù)雜的生物樣本（如組織、血漿、細(xì)胞裂解液等），在多種生物醫(yī)學(xué)研究中展現(xiàn)出zhuóyuè性能。

二、Bottom-Updànbáizhì組學(xué)的基本實(shí)驗(yàn)流程

1、dànbáizhì提取

從生物樣本中提取總蛋白。樣本可來(lái)源于細(xì)胞、組織、體液等。需要進(jìn)行裂解、離心和蛋白定量，確保dànbáizhì的完整性和濃度。

2、dànbáizhì酶解

使用yídànbáiméi（Trypsin）等特異性蛋白酶對(duì)dànbáizhì進(jìn)行酶解，生成可被質(zhì)譜識(shí)別的小肽段。yídànbáiméi通常切割賴(lài)氨酸（K）和jīngānsuān（R）殘基后的位置，生成帶正電荷的肽段，便于質(zhì)譜檢測(cè)。

3、肽段分離（液相色譜，LC）

通過(guò)反相高效液相色譜（RP-HPLC）對(duì)肽段進(jìn)行分離，有效降低復(fù)雜性，提升后續(xù)質(zhì)譜檢測(cè)的信噪比與分辨率。

4、質(zhì)譜分析（MS/MS）

利用高分辨率質(zhì)譜儀（如 Orbitrap、Q-TOF 等）對(duì)肽段進(jìn)行一級(jí)（MS）和二級(jí)（MS/MS）質(zhì)譜分析。一級(jí)MS用于測(cè)定肽段的分子質(zhì)量，二級(jí)MS則對(duì)肽段進(jìn)行碎裂并獲取序列信息。

5、數(shù)據(jù)分析與dànbáizhì鑒定

將質(zhì)譜數(shù)據(jù)輸入到zhuānyè數(shù)據(jù)庫(kù)搜索引擎（如 Mascot、Sequest、MaxQuant），匹配肽段序列并回推至原始dànbáizhì，實(shí)現(xiàn)蛋白鑒定。進(jìn)一步可進(jìn)行定量分析，挖掘蛋白豐度變化信息。

三、Bottom-Updànbáizhì組學(xué)的定量分析能力

為什么 Bottom-Up能用于dànbáizhì定量分析？dànbáizhì的“定量分析"指的是測(cè)量不同樣本中某一dànbáizhì的相對(duì)或juéduì豐度。Bottom-Up 雖以肽段為單位進(jìn)行質(zhì)譜分析，但由于每個(gè)蛋白被酶解為多個(gè)代表性肽段，因此可以通過(guò)這些肽段的信號(hào)強(qiáng)度，間接推算蛋白的整體豐度。

關(guān)鍵在于：

1、肽段的質(zhì)譜峰面積或峰強(qiáng)度可以被采集；

2、同一蛋白的多個(gè)肽段可用于交叉驗(yàn)證與歸一化；

3、通過(guò)特定的定量策略（如下所述）將肽段數(shù)據(jù)整合為蛋白級(jí)數(shù)據(jù)。

四、Bottom-Up的dànbáizhì定量分析策略

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)的定量方法主要分為兩類(lèi)：biāojìdìng量與無(wú)biāojìdìng量。

1、biāojìdìng量（Label-based Quantification）

（1）同位素標(biāo)記

• SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）通過(guò)在細(xì)胞培養(yǎng)過(guò)程中加入穩(wěn)定同位素標(biāo)記氨基酸（如13C-賴(lài)氨酸），實(shí)現(xiàn)在體內(nèi)標(biāo)記。適用于細(xì)胞樣本，定量精度高。

（2）化學(xué)標(biāo)記

• TMT（Tandem Mass Tag）一種同位素編碼標(biāo)簽，可標(biāo)記不同樣本的肽段，在 MS/MS 中釋放不同質(zhì)量的 reporter 離子，實(shí)現(xiàn)相對(duì)定量?？捎糜?6-16 重樣本并行比較。

• iTRAQ（Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation）類(lèi)似 TMT，標(biāo)簽在 MS2 層級(jí)釋放 reporter 離子。適用于組織或臨床樣本。

2、無(wú)biāojìdìng量（Label-Free Quantification，LFQ）

無(wú)需任何化學(xué)標(biāo)記，直接基于：

• 肽段 MS1 層峰面積（Intensity-based）

• 肽段譜圖數(shù)量（Spectral Counting）

通過(guò)算法比較不同樣本中同一肽段的信號(hào)強(qiáng)度，從而實(shí)現(xiàn)蛋白水平的相對(duì)定量。

Bottom-Updànbáizhì組學(xué)在蛋白識(shí)別、豐度定量、疾病機(jī)制研究、標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等方面展現(xiàn)出強(qiáng)大優(yōu)勢(shì)。其高通量與dànbáizhì定量分析能力的結(jié)合，使其成為jīngzhǔn醫(yī)學(xué)、生物技術(shù)和藥物開(kāi)發(fā)中的關(guān)鍵技術(shù)。隨著質(zhì)譜技術(shù)、計(jì)算方法與樣本處理流程的不斷優(yōu)化，Bottom-Updànbáizhì組學(xué)將在臨床轉(zhuǎn)化研究中發(fā)揮更加核心的作用。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線(xiàn)性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn)，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶(hù)提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶(hù)提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿(mǎn)足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶(hù)的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

用于蛋白質(zhì)定量分析的Bottom-Up蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹