Shotgun Proteomics vs. Targeted Proteomics：研究選擇指南檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)研究中，質(zhì)譜技術(shù)已成為解析生命系統(tǒng)復(fù)雜性的重要工具。特別是Shotgun Proteomics（發(fā)現(xiàn)型dànbáizhì組學(xué)）與Targeted Proteomics（bǎxiàngdàn白zhìzǔxué）兩種主流策略，其技術(shù)原理、應(yīng)用場景和數(shù)據(jù)特性各異，直接影響實驗設(shè)計與結(jié)果解讀。本文將系統(tǒng)比較這兩類方法，幫助科研人員在不同研究階段作出合理選擇。

一、Shotgun Proteomics：系統(tǒng)性探索的優(yōu)選策略

Shotgun Proteomics是一種自下而上的全譜掃描方法。實驗流程包括dànbáizhì酶解、肽段分離（LC）、質(zhì)譜采集（MS/MS）與數(shù)據(jù)庫搜索鑒定。該策略可在單次實驗中檢測成百上千種蛋白，適用于未知機(jī)制探索、生物標(biāo)志物篩選和復(fù)雜樣本比較等場景。

※ 其主要特點包括：

• 通量高：可覆蓋大多數(shù)可檢測蛋白；

• 依賴數(shù)據(jù)庫：鑒定效率與數(shù)據(jù)庫質(zhì)量密切相關(guān)；

• 相對定量：常用Label-free或TMT/iTRAQ等方法進(jìn)行相對表達(dá)量分析；

• 數(shù)據(jù)復(fù)雜：對質(zhì)譜平臺和生信分析要求較高。

盡管靈敏度和重現(xiàn)性不及靶向方法，但在發(fā)現(xiàn)階段具備bùkětìdài的廣譜性與信息量優(yōu)勢。

二、Targeted Proteomics：驗證與定量的jīngquè利器

Targeted Proteomics是一種聚焦特定蛋白/肽段的jīngzhǔn定量策略，常見模式包括SRM/MRM、PRM等。研究者在實驗前確定目標(biāo)肽段，通過定向監(jiān)測實現(xiàn)高靈敏度、高特異性的檢測，特別適合候選靶點驗證、臨床樣本定量及方法開發(fā)等需求。

※ 其核心優(yōu)勢：

• 定量準(zhǔn)確：與內(nèi)標(biāo)聯(lián)合使用時可實現(xiàn)juéduì定量；

• 重現(xiàn)性強(qiáng)：跨批次實驗間一致性高；

• 檢測限低：適合低豐度蛋白的jīngzhǔn測定；

• 流程標(biāo)準(zhǔn)化：利于方法在不同平臺間遷移。

Targeted方法對前期方法開發(fā)依賴較大，需明確目標(biāo)蛋白序列、肽段特征及離子轉(zhuǎn)itions，但一旦建立，可廣泛應(yīng)用于高通量臨床轉(zhuǎn)化研究。

三、核心技術(shù)對比

四、策略選擇：依據(jù)研究目的與資源條件

※ 初步探索與機(jī)制構(gòu)建：優(yōu)先選擇Shotgun

當(dāng)研究目標(biāo)尚不明確，需在組織、細(xì)胞或體液等樣本中全局篩查差異蛋白或構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)時，Shotgun Proteomics能提供zuì大信息覆蓋。其不依賴先驗知識的特性，使其成為新型生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和機(jī)制假設(shè)生成的shǒuxuǎn技術(shù)。

※ 靶點驗證與定量研究：推薦使用Targeted

若已明確候選蛋白，需在多組樣本中jīngquè定量其表達(dá)水平，或評估其生物學(xué)穩(wěn)定性與診斷潛力，Targeted Proteomics更具優(yōu)勢。特別在生物醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化研究中，靶向方法提供的高一致性和juéduì定量能力可滿足臨床驗證的嚴(yán)格需求。

※ 綜合使用：探索與驗證的有效結(jié)合

在系統(tǒng)生物學(xué)研究中，常采用Shotgun初篩+Targeted驗證的聯(lián)合策略。前者完成差異蛋白鑒定與通路分析，后者針對重點靶點開展定量驗證，實現(xiàn)從發(fā)現(xiàn)到驗證的閉環(huán)證據(jù)鏈。

五、實踐建議：從需求出發(fā)優(yōu)化設(shè)計

• 樣本類型復(fù)雜且目標(biāo)不明：優(yōu)先采用Shotgun進(jìn)行全譜分析；

• 研究周期有限但靶點明確：可跳過全譜直接開展靶向定量；

• 資源允許且研究深入：建議整合兩種策略，提升研究深度與可靠性。

Shotgun與Targeted Proteomics各有優(yōu)勢，適用于不同研究階段與科研目標(biāo)。理解兩者原理及應(yīng)用差異，是jīngzhǔn開展dànbáizhì組學(xué)研究的前提。在實驗設(shè)計中合理整合這兩種策略，能顯著提升數(shù)據(jù)解釋力與研究影響力。在dànbáizhì組學(xué)服務(wù)中，百泰派克生物科技提供包括DIA、TMT、PRM在內(nèi)的多種技術(shù)平臺，結(jié)合自動化樣本前處理與高分辨率質(zhì)譜設(shè)備，實現(xiàn)從“廣泛發(fā)現(xiàn)"到“jīngzhǔn驗證"的一體化服務(wù)流程。我們通過標(biāo)準(zhǔn)化流程與定制化分析，協(xié)助客戶在基礎(chǔ)研究與臨床轉(zhuǎn)化間高效橋接。如需獲取個性化方案建議或合作咨詢，歡迎聯(lián)系我們。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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