從樣本到結(jié)果：PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在靶向dànbáizhì定量研究中，PRM（Parallel Reaction Monitoring）因其出色的特異性與靈敏度，已被廣泛應(yīng)用于疾病標(biāo)志物驗(yàn)證、藥物研發(fā)以及機(jī)制研究。然而，PRM的有效性不僅取決于質(zhì)譜設(shè)備的*程度，更依賴于從樣本處理到數(shù)據(jù)解讀的全流程質(zhì)量控制。本文將以樣本處理到zuì終數(shù)據(jù)解讀的完整流程為主線，詳解PRM定量蛋白組學(xué)分析的關(guān)鍵步驟。

一、PRM定量dànbáizhì組學(xué)分析之樣本類型與前處理

PRM分析對(duì)樣本質(zhì)量要求較高，建議使用凍存組織、細(xì)胞裂解液、血清/血漿、腦脊液等生物樣本，保證在冷鏈條件下采集和保存，避免蛋白降解。

1、樣本處理關(guān)鍵環(huán)節(jié)：

（1）蛋白提?。?采用RIPA、SDS等裂解液確保蛋白wánquán釋放；對(duì)膜蛋白、核蛋白等需優(yōu)化提取方案。

（2）定量檢測(cè)： BCA法進(jìn)行濃度測(cè)定，確保各樣本間起始蛋白量一致。

（3）還原烷基化： DTT/TCEP還原二硫鍵，IAA封閉巰基，提升酶解效率。

（4）酶解步驟： Trypsin或Lys-C酶解過夜，控制溫度與時(shí)間避免過度或不足酶解。

（5）肽段純化： 使用C18固相提取柱去除雜質(zhì)，提高質(zhì)譜兼容性。

二、PRM定量dànbáizhì組學(xué)分析之質(zhì)譜采集

為實(shí)現(xiàn)bǎxiàngdàn白的jīngzhǔn定量，需在前期進(jìn)行嚴(yán)謹(jǐn)?shù)姆椒ㄩ_發(fā)。

1、方法開發(fā)與內(nèi)標(biāo)引入：

（1）肽段篩選： 基于UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)選取代表性肽段，排除修飾位點(diǎn)和共享肽段。

（2）合成穩(wěn)定同位素標(biāo)記內(nèi)標(biāo)（SIS）： 與目標(biāo)肽段同源但質(zhì)量差異可區(qū)分，實(shí)現(xiàn)相對(duì)/juéduì定量。

（3）質(zhì)譜方法設(shè)定： 選擇前體離子及其zuì具代表性的碎片離子，設(shè)置保留時(shí)間窗口及采集循環(huán)參數(shù)。

2、PRM數(shù)據(jù)采集要點(diǎn)（Orbitrap平臺(tái)）：

（1）分辨率選擇： 常用30,000或60,000平衡靈敏度與掃描速度。

（2）填充時(shí)間與AGC設(shè)定： 保證足夠的離子積累。

（3）質(zhì)量窗口與RT優(yōu)化： 提升靶點(diǎn)識(shí)別的特異性與穩(wěn)定性。

三、PRM定量dànbáizhì組學(xué)分析之?dāng)?shù)據(jù)處理與結(jié)果輸出

PRM具有清晰透明的數(shù)據(jù)處理過程。

1、Skyline軟件分析流程：

（1）導(dǎo)入質(zhì)譜raw數(shù)據(jù)與方法文件，載入內(nèi)標(biāo)信息，自動(dòng)提取XIC（離子色譜峰）。

（2）峰面積比值計(jì)算：利用內(nèi)標(biāo)峰與目標(biāo)峰面積比實(shí)現(xiàn)定量，適配相對(duì)/juéduì定量需求。

（3）保留時(shí)間匹配與手動(dòng)校正：提高峰識(shí)別準(zhǔn)確性。

（4）批量標(biāo)準(zhǔn)化與歸一化處理：去除批次效應(yīng)與技術(shù)誤差。

2、定量數(shù)據(jù)解讀：

（1）統(tǒng)計(jì)分析： t檢驗(yàn)、ANOVA等方法比較組間表達(dá)差異。

（2）多重校正： 控制假陽(yáng)性率，如Benjamini-Hochberg法。

（3）生物學(xué)解讀： 結(jié)合GO/KEGG通路富集分析，挖掘潛在機(jī)制。

百泰派克生物科技的標(biāo)準(zhǔn)化PRM服務(wù)流程

百泰派克建立了從樣本處理到報(bào)告交付的全流程標(biāo)準(zhǔn)體系：

1、標(biāo)準(zhǔn)化前處理SOP：保障樣本一致性與蛋白完整性。

2、靶向肽段數(shù)據(jù)庫(kù)與內(nèi)標(biāo)庫(kù)：覆蓋上千種常見靶標(biāo)。

3、定制化Skyline方法開發(fā)：自動(dòng)化、高重復(fù)性定量。

4、可視化數(shù)據(jù)報(bào)告：支持差異分析、聚類、機(jī)制注釋，助力客戶快速理解結(jié)果。

高質(zhì)量的PRM定量dànbáizhì組學(xué)分析，離不開嚴(yán)格控制的樣本處理流程與成熟穩(wěn)定的數(shù)據(jù)分析方案。PRM質(zhì)譜的價(jià)值不僅在于其出色的靶向定量能力，更在于它依托于一整套標(biāo)準(zhǔn)化、可重復(fù)的分析流程。從樣本采集、蛋白酶解、肽段富集，到方法開發(fā)、數(shù)據(jù)采集和解讀，每一步都關(guān)乎zuì終數(shù)據(jù)的可信度。百泰派克生物科技憑借zhuānyè平臺(tái)與經(jīng)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)，為科研人員提供可靠、透明、可重復(fù)的PRM定量服務(wù)。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

從樣本到結(jié)果：PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹