PRM數據分析用什么工具？檢測技術服務詳情介紹

Parallel Reaction Monitoring（PRM）是基于高分辨率、高質量精度質譜平臺的靶向dànbáizhì定量技術，廣泛應用于腫瘤標志物驗證、藥物靶點確認、信號通路研究等領域。相比選擇反應監(jiān)測（SRM/MRM），PRM 利用 Orbitrap 或 Q-TOF 等高分辨率質譜儀器記錄全部碎片離子，提高了分析的選擇性和準確性。本文將系統介紹PRM數據分析常用工具的原理、特點及適用場景，詳細解析分析流程，并結合百泰派克生物科技在該領域的實踐經驗，幫助生命科學研究人員全面掌握這項關鍵技術。

一、PRM技術簡介與數據分析需求

PRM 是基于數據依賴獲取（DDA）或先驗知識構建靶標肽段列表，在高分辨質譜儀中通過選擇一級母離子（precursor）并采集所有對應的二級碎片離子（fragment ion），實現高特異性、高重現性的靶向定量。由于 PRM 產生的數據包含多個離子的色譜峰信息，分析時需要從原始數據中提取、校準、積分、標準化并進行統計比較，這對分析軟件提出了較高要求。因此，選擇合適的工具尤為關鍵。

二、主流PRM數據分析工具詳解

1、Skyline：開放、靈活且功能強大的shǒuxuǎn工具

Skyline是由華盛頓大學MacCoss實驗室開發(fā)的免費開源軟件，廣泛支持PRM、SRM、DIA、MS1全掃描等模式。其高度模塊化、強大的圖形界面和活躍的用戶社區(qū)，使其成為 PRM 分析的事實標準。

（1）功能亮點

• 支持 Thermo、SCIEX、Agilent、Waters 等主流平臺的原始數據導入

• 與光譜庫（如 NIST、PeptideAtlas、DIA-NN）無縫對接，提升肽段識別準確性

• 可視化程度高：支持 XIC（提取離子色譜圖）圖譜和峰面積手動校正

• 內置多種歸一化策略（總離子強度、內標、對等肽段）

• 支持多種格式導出結果，便于進一步統計分析（如導入 R 或 Python）

（2）分析流程概覽

• 導入原始數據（Thermo .raw、.mzML 等格式）

• 構建靶標肽段列表（可來自 DDA、公開數據庫或手動定義）

• 提取碎片離子色譜圖并進行峰識別

• 手動或自動進行積分與定量

• 使用 QC 肽段進行標準化，生成定量報告

Skyline 在科研人員中口碑jíjiā，適合對數據透明性和可重復性要求高的基礎研究項目。

2、SpectroDive：為商業(yè)化項目設計的高通量分析工具

SpectroDive是瑞士Biognosys公司推出的一款商業(yè)軟件，專為PRM和MRM數據設計，具備更強的自動化和統計處理能力，適合工業(yè)級應用和大規(guī)模多中心驗證項目。

（1）軟件優(yōu)勢

• 自動化程度高，適合非程序員用戶快速上手

• 可通過 UI 直觀設置肽段庫、內標、定量規(guī)則和統計閾值

• 支持異構樣本比對、多組學聯合分析

• 輸出圖形美觀、報告zhuānyè，便于直接用于項目交付或發(fā)表

（2）推薦應用

• 生物標志物臨床前驗證

• CRO/CMO 服務中的標準化定量流程

• 需要快速交付和 GMP 環(huán)境支持的項目

3、OpenSWATH + pyProphet：兼容DIA的高通量替代方案

OpenSWATH原用于DIA分析，但配合pyProphet進行靶向肽段選擇和結果統計，也可以進行PRM數據分析，特別適合需要驗證 DDA/DIA 發(fā)現結果的用戶。

（1）工具組合特點

• 開源、模塊化，可與 Nextflow、Galaxy 等數據流程平臺集成

• 提供打分機制（m-score）判斷肽段可靠性

• 與 TRIC 等工具結合實現跨批次對齊與歸一化

（2）適用范圍

• 大規(guī)模篩選結果的后期驗證

• 項目開發(fā)初期數據探索階段

• 自動化處理流水線構建

三、百泰派克生物科技：一站式PRM分析解決方案

在百泰派克生物科技，我們依托Thermo Orbitrap Fusion Lumos 與Exploris系列平臺，結合Skyline分析流程，提供從靶標篩選到數據解讀的全流程PRM分析服務。我們的技術特色：

1、高精度儀器平臺：支持多級質譜（MSn）、自動極性切換與動態(tài)范圍拓展

2、標準化肽段數據庫：基于多項目經驗構建的高覆蓋率、高特異性靶標庫

3、質量控制體系：包括穩(wěn)定同位素內標、QC 肽段監(jiān)控與批間效應修正

4、定制化數據報告：根據客戶需求輸出圖表化報告、統計分析結果和原始數據結構

PRM 作為現代蛋白組學中zuì具潛力的靶向定量技術之一，正逐步從科研走向產業(yè)落地。選擇合適的PRM數據分析工具（如 Skyline 的靈活性、SpectroDive 的自動化或 OpenSWATH 的高通量兼容），將直接決定實驗結果的可靠性和可解釋性。百泰派克生物科技始終致力于將前沿質譜技術與標準化數據分析相結合，為科研人員和企業(yè)客戶提供高質量、高效率的蛋白定量解決方案。如果您有相關項目需求，歡迎隨時聯系我們獲取免費評估與定制方案建議。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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