SWATH-MS vs DDA-MS：哪种技术适合你的研究？检测技术服务详情介绍

在蛋白组学研究中，选择合适的质谱采集方式是获得高质量数据的关键。目前，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）与DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是两种主流的数据采集技术，各具优势。对于科研人员而言，理解这两种方法的原理、适用场景和技术局限，将有助于制定更合理的实验策略。

一、什么是DDA-MS？

DDA（Data-Dependent Acquisition）是目前应用zuì广泛的质谱采集策略之一。其工作原理是：质谱仪在一次MS1扫描后，根据预设的强度阈值，选择zuì强的若干前体离子进行MS/MS碎裂分析。

? 优势：

• 高质量MS/MS谱图：针对高丰度离子，能够获得高分辨率、高信噪比的碎片谱。

• 成熟的数据库搜索工具：如Mascot、SEQUEST、MaxQuant等支持广泛。

• 适合新蛋白鉴定：尤其在探索性研究中表现优异。

?? 局限：

• 采集偏倚：易忽略低丰度蛋白或复杂样本中的次要离子。

• 重复性差：由于每次采集选择的前体离子不同，生物重复间可比性较差。

• 数据缺失严重：导致蛋白定量不完整，影响下游分析的稳健性。

二、什么是SWATH-MS？

SWATH-MS是基于DIA（Data-Independent Acquisition）策略的一种数据采集方法，它将m/z范围划分为连续的窗口（通常为20–25 Da），对每个窗口内所有离子同时进行碎裂和记录。

? 优势：

• 高度重现性：全扫描方式使每次运行的数据一致，利于跨组学比较。

• 全面覆盖低丰度蛋白：不受离子强度选择限制，提高检出率。

• 适合大规模定量研究：如生物标志物筛选、多批次样本分析。

?? 局限：

• 谱图重叠严重：碎片离子来源复杂，解析难度高。

• 对光谱库依赖强：需要高质量、完整的参考光谱库支持分析。

• 前期方法建立复杂：涉及窗口设置、标准品选择等多个步骤。

三、样本类型与研究目标：你该如何选择？

1、探索性 vs 验证性研究

• 若目标是发现新的蛋白或通路，建议优先选择DDA-MS，其对新蛋白具有更强的鉴定能力。

• 若是针对已知蛋白进行大规模、重复性强的定量分析，如候选生物标志物验证，则SWATH-MS更具优势。

2、 样本复杂度

• 对于复杂度较低的样本（如纯化蛋白、细胞系），DDA足以应对；

• 而对于组织样本、体液、微量起始材料，SWATH能提供更全面的定量覆盖。

3、预算与时间因素

• DDA方法分析周期短、上手快；

• SWATH需前期建立光谱库，但一旦建成，可批量处理大量样本，适合长期项目。

※ 总结：选择技术，关键看“匹配度"

无论你正在进行基础研究还是转化医学项目，选择合适的采集模式都至关重要。SWATH-MS的高通量与重复性优势，正在逐步成为标准化dànbáizhì定量的主流趋势；而DDA-MS则仍是bùkětìdài的探索性工具。zuì佳策略，往往是将二者结合使用：前期DDA建立光谱库，后期用SWATH进行大规模定量。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白组学一站式解决方案，如需深入了解蛋白组学项目设计，欢迎联系我们获取免费的项目咨询与技术建议。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对dànbáizhì序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对dànbáizhì的氨基酸组成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服务。对于未知理论序列的dànbáizhì，提供基于从头测序法的dànbáizhì从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上优良的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、dànbáizhì组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量dànbáizhì组学、靶向dànbáizhì组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种dànbáizhì组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种dànbáizhì标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.zhuānyè生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，zuì后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术优良，*技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题?？稍诘ハ赴忝嫔隙远嘀种副晖苯斜碚鳎偬┡煽松锟萍伎勺龅酵奔觳?1个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从zuì小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从dànbáizhì、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等zhuānyè服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，zhuānyè提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖dànbáizhì组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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