如何克服無標記蛋白質(zhì)組學的重現(xiàn)性問題？檢測技術服務詳情介紹

無標記dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics）因其樣本通量高、操作流程相對簡潔、無需昂貴試劑而被廣泛應用于疾病機制研究、生物標志物發(fā)現(xiàn)和藥物作用靶點篩選。然而，隨著大規(guī)模項目的不斷推進，研究者也逐漸意識到——重現(xiàn)性差是制約無標記定量深入應用的核心瓶頸之一。本文將從實驗設計、樣品處理、質(zhì)譜采集到數(shù)據(jù)分析四個關鍵環(huán)節(jié)出發(fā)，系統(tǒng)解析如何提升無標記dànbáizhì組學的重現(xiàn)性。

一、無標記定量為何容易“變臉"？

無標記定量方法主要依賴MS1級別的信號強度進行dànbáizhì定量，與TMT或iTRAQ等基于同位素標簽的方法不同，其更容易受到樣品批間差異、離子化效率波動、LC-MS系統(tǒng)穩(wěn)定性等多種因素的干擾。

常見重現(xiàn)性問題包括：

• 不同批次樣品定量結果波動大

• 技術重復間蛋白定量標準差高

• 低豐度蛋白檢出不穩(wěn)定

這不僅影響數(shù)據(jù)的統(tǒng)計顯著性，也給生物學解釋帶來偏差。因此，建立一套系統(tǒng)性的優(yōu)化策略，是提升無標記蛋白組學可靠性的關鍵。

二、提升重現(xiàn)性的四大關鍵環(huán)節(jié)

1、實驗設計：合理控制變量是dìyī步

在蛋白組學項目中，生物重復與技術重復的設置必須科學嚴謹。推薦：

• 每組設置≥3個生物重復，確保統(tǒng)計顯著性

• 同一批次內(nèi)完成樣本處理和上機，避免跨批次系統(tǒng)誤差

• 隨機化上機順序，降低時間漂移影響

此外，對于時間跨度較長的項目，應設立質(zhì)控參考樣品（QC sample），用于監(jiān)測系統(tǒng)波動與批次間數(shù)據(jù)歸一化。

2、樣品處理：標準化流程是重現(xiàn)性的保障

從組織勻漿、蛋白抽提、酶切消化到樣品凈化，每一步都可能引入變異。建議采取以下措施：

• 使用統(tǒng)一的裂解緩沖液和蛋白定量方法（如BCA）

• 盡量使用自動化液體處理系統(tǒng)減少人工誤差

• 固相萃?。⊿PE）凈化步驟建議標準化耗材品牌與流程

3、LC-MS采集：系統(tǒng)穩(wěn)定是核心基礎

無標記定量依賴色譜峰面積，因而對LC-MS系統(tǒng)的穩(wěn)定性要求jígāo。

優(yōu)化策略包括：

• 每日校準儀器，監(jiān)測保留時間漂移與信號強度

• 使用數(shù)據(jù)依賴采集（DDA）+動態(tài)排除策略，提升譜圖覆蓋率

• 設置iRT標準肽以校正保留時間波動

4、數(shù)據(jù)分析：合適的歸一化和統(tǒng)計模型是“zuì后一道防線"

即使在理想實驗條件下，少量技術波動仍然不可避免。此時，數(shù)據(jù)歸一化和差異蛋白篩選方法顯得尤為關鍵。

推薦使用：

• MaxQuant、Spectronaut 等成熟平臺進行定量與識別

• 基于總離子強度或中位數(shù)歸一化的方法進行批次矯正

• 差異分析中使用limma、MSstats等帶有方差穩(wěn)定化模型的統(tǒng)計方法

此外，建議進行PCA主成分分析與批次效應評估，對異常樣本進行質(zhì)控剔除。

無標記dànbáizhì組學雖然存在一定的重現(xiàn)性挑戰(zhàn)，但通過從實驗設計到數(shù)據(jù)分析的全流程優(yōu)化，wánquán可以實現(xiàn)可靠且具有生物學意義的數(shù)據(jù)輸出。選擇具備經(jīng)驗、技術平臺完善的合作方，將極大提升研究效率和結果可信度。如您正在開展大規(guī)模蛋白組學研究或關注無標記定量的方案優(yōu)化，歡迎聯(lián)系百泰派克生物科技，我們將以嚴謹?shù)目蒲袘B(tài)度和zhuānyè的技術服務，為您的科研項目保駕護航。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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