使用De Novo技術(shù)進(jìn)行高精度抗體測(cè)序檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

引言：為什么抗體測(cè)序越來(lái)越重要？

抗體，作為適應(yīng)性免疫系統(tǒng)的核心執(zhí)行者，其多樣性和特異性使其在基礎(chǔ)研究、診斷開(kāi)發(fā)、生物制藥等多個(gè)領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。從單克隆抗體的開(kāi)發(fā)，到新型疫苗的評(píng)估，再到腫瘤miǎnyìzhìliáo的機(jī)制解析，獲取抗體的全序列信息成為關(guān)鍵dìyī步。

然而，傳統(tǒng)的抗體測(cè)序方法往往依賴(lài)已知數(shù)據(jù)庫(kù)或抗體來(lái)源細(xì)胞的mRNA信息，限制了對(duì)天然抗體、多克隆抗體、或者臨床樣本中稀有抗體的全面解析。在此背景下，基于質(zhì)譜的De Novo抗體測(cè)序技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生，正在逐步成為抗體研發(fā)和表征的重要手段。

一、什么是De Novo抗體測(cè)序？

De Novo測(cè)序是指在缺乏已知數(shù)據(jù)庫(kù)參考的情況下，直接通過(guò)質(zhì)譜數(shù)據(jù)推斷dànbáizhì序列的過(guò)程。相較于依賴(lài)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的傳統(tǒng)質(zhì)譜分析方法，De Novo測(cè)序不受數(shù)據(jù)庫(kù)覆蓋率限制，能夠?qū)崿F(xiàn)真正意義上的全序列解析，尤其適用于未知抗體或來(lái)源復(fù)雜的樣本。

抗體De Novo測(cè)序的一般流程包括：

1、樣本制備：將抗體進(jìn)行酶解，常用酶包括Trypsin、Chymotrypsin、LysC等；

2、質(zhì)譜分析：采用高分辨率質(zhì)譜（如Orbitrap、TOF）采集多肽片段的MS/MS信息；

3、序列推斷：使用專(zhuān)用的De Novo算法（如PEAKS、Novor）解析肽段序列；

4、序列拼接與重建：結(jié)合抗體結(jié)構(gòu)特征，拼接出完整的輕鏈與重鏈序列；

5、功能驗(yàn)證：通過(guò)重組表達(dá)與ELISA、SPR等手段驗(yàn)證序列的功能正確性。

二、為什么選擇De Novo技術(shù)進(jìn)行抗體測(cè)序？

1、不依賴(lài)mRNA信息，更適用于臨床樣本和天然抗體

在許多實(shí)際場(chǎng)景中，例如來(lái)自血清、組織液等臨床樣本中的抗體，僅依賴(lài)B細(xì)胞mRNA進(jìn)行序列分析往往面臨細(xì)胞獲取困難、表達(dá)量低等問(wèn)題。而De Novo測(cè)序則直接以蛋白為對(duì)象，無(wú)需依賴(lài)核酸信息，在天然抗體研究中具有顯著優(yōu)勢(shì)。

2、高分辨率質(zhì)譜賦能，提升測(cè)序精度與覆蓋度

隨著質(zhì)譜儀性能的持續(xù)提升，現(xiàn)代儀器已能實(shí)現(xiàn)亞ppm級(jí)的質(zhì)量精度和高靈敏度。結(jié)合多酶酶解策略與重疊肽段優(yōu)化算法，De Novo測(cè)序的準(zhǔn)確率和覆蓋率已接近95%以上，足以滿足抗體工程的應(yīng)用需求。

3、可揭示抗體異構(gòu)形式（如糖基化、突變、剪切）

抗體不僅在氨基酸水平存在多樣性，其翻譯后修飾（PTMs）如糖基化、氧化、脫酰胺等也對(duì)功能產(chǎn)生重要影響。傳統(tǒng)的基因測(cè)序方法無(wú)法捕捉這些修飾信息，而質(zhì)譜則能夠提供修飾位點(diǎn)和修飾類(lèi)型的直接證據(jù)。

三、De Novo抗體測(cè)序的技術(shù)挑戰(zhàn)與應(yīng)對(duì)策略

1、CDR區(qū)域解析難度大

抗體的互補(bǔ)決定區(qū)（CDR）富含高變異序列，是抗原結(jié)合活性的核心。CDR區(qū)域常伴隨序列復(fù)雜性高、酶解效率低等問(wèn)題，影響其在質(zhì)譜中的檢測(cè)頻率。百泰派克生物科技通過(guò)多酶聯(lián)用、異構(gòu)體聚焦分析等策略，有效提升CDR區(qū)的覆蓋率和序列可信度。

2、同源抗體混合樣本的拆分難度高

當(dāng)樣本中存在多個(gè)同源抗體時(shí)（如多克隆抗體或治療前后患者抗體對(duì)比），傳統(tǒng)算法難以區(qū)分近似序列。百泰派克利用深度覆蓋+智能算法+人工審閱相結(jié)合的方式，實(shí)現(xiàn)高復(fù)雜度背景下的抗體重建。

四、應(yīng)用場(chǎng)景：De Novo抗體測(cè)序的廣泛價(jià)值

百泰派克生物科技：高精度De Novo抗體測(cè)序服務(wù)提供商

在百泰派克，我們結(jié)合優(yōu)良的Orbitrap Fusion Lumos系統(tǒng)與優(yōu)化的多酶酶解策略，搭配自主開(kāi)發(fā)的序列拼接和修飾分析算法，提供包括：

* 全長(zhǎng)抗體序列解析（重鏈+輕鏈）

• CDR區(qū)域精細(xì)覆蓋驗(yàn)證

• 抗體修飾圖譜（糖基化、氧化等）

• 同源抗體混合樣本解析服務(wù)

我們的技術(shù)團(tuán)隊(duì)具備豐富的質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，并通過(guò)每一例項(xiàng)目進(jìn)行人工校驗(yàn)和結(jié)構(gòu)建模驗(yàn)證，確保結(jié)果的可重組性和功能有效性。隨著抗體藥物開(kāi)發(fā)和jīngzhǔn醫(yī)學(xué)的快速發(fā)展，獲取高質(zhì)量的抗體序列信息已成為基礎(chǔ)性需求。De Novo抗體測(cè)序技術(shù)正以其高自由度、高準(zhǔn)確率、適用性強(qiáng)的優(yōu)勢(shì)，成為科研和產(chǎn)業(yè)界bùkěhuòquē的工具。百泰派克生物科技將持續(xù)以zhuānyè的技術(shù)平臺(tái)與服務(wù)能力，助力科研人員深度挖掘抗體的結(jié)構(gòu)與功能潛能。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶(hù)提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶(hù)提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶(hù)的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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