出现严重的RNA污染
如图所示，质粒提取之后进行琼脂糖凝胶电泳，出现明显的RNA条带，说明有RNA污染。
原因及解决方法：
（1）未在缓冲液 RS*中事先加入RNase A。解决方法：补加RNase A。
（2）加入RNase A的缓冲液 RS*长期保存于室温，导致RNase A活性下降。解决方法：每次使用后置于 4℃保存。若长期不用，置于-20℃保存。
（3）细菌过量,RNase A不能有效降解RNA。解决方法：将细菌用量减半或增加RNase A在缓冲液 RS*中的浓度。
出现基因组污染
（1）菌体裂解和中和过程中,剧烈混合造成基因组DNA断裂所致。解决方法：温和地进行菌体的裂解和中和。
（2）加裂解液 LB时操作时间过长，造成基因组DNA断裂所致。解决方法：将裂解步骤控制在5分钟内完成。
（3）细菌的质量差（反复冻融的细菌，陈旧的细菌，培养条件不合适的细菌等）中有许多断裂或降解而游离的基因组DNA，使用生长良好的新鲜细菌。
超螺旋质粒比例低
如图右所示，质粒提取之后进行琼脂糖凝胶电泳，开环质粒的占比约20%，说明超螺旋比例低，一般超螺旋比例需要＞90%，一般来说超螺旋比例越高，质粒的稳定性越高，高超螺旋比例的质粒在转染效率、基因表达水平等方面具有更好的表现。
原因：裂解时间不宜过长，加入裂解液后裂解时间不应超过5分钟，以免质粒受到破坏
解决方法：优化裂解时间；确保质粒的结合和所有溶液都在室温下进行，减少离心力对质粒超螺旋结构的影响，因为过度的离心可能会破坏质粒的超螺旋结构。
内毒素残留高
常规质粒DNA纯化中，质粒DNA仍需要从55%蛋白质、20%RNA、3%内毒素和3%基因组DNA中分离，在质粒DNA制备的菌体裂解过程中，内毒素分子被释放到溶菌液中。由于内毒素常形成囊状结构，其分子量、电荷性和疏水性都与质粒DNA相似，常用的纯化方法很难将内毒素与质粒DNA分开。内毒素会降低原代细胞和敏感培养细胞的转染效率，干扰免疫细胞的体外转染。由于实验目的不同，对质粒DNA的内毒素要求亦不同，尤其是在细胞转染、基因沉默研究、基因治疗等过程中，对质粒质量、内毒素水平要求更为苛刻，对于非敏感型的的转染实验，要求内毒素残留0.1～2.5 EU/ug，对于敏感型的的转染实验，要求内毒素残留＜0.1 EU/ug。
原因：内毒素去除时操作不当或者未选择合适的试剂
解决方法：
（1）如果采用的内毒素清除的方法，离心之后，上层水相含DNA，下层蓝色油状相含内毒素和其它杂质。这时注意不要吸到蓝色油状层，里面含内毒素等杂质。
（2）在使用树脂纯化系统去除内毒素时，需要先活化树脂，然后使用平衡缓冲液平衡树脂，以确保最佳的去除效率。
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