手動清理：先關閉空氣能熱水器的電源和進水閥，讓水箱內的水自然排空。然后打開水箱的排水口或排污口，將內部的水全部排出，并使用干凈的軟布、刷子等工具輕輕擦拭水箱內部，去除附著的水垢。對于一些頑固的水垢，可以使用塑料鏟子等工具小心地刮除，但要注意避免刮傷水箱內壁。

高壓水槍沖洗：如果條件允許，可購買高壓的槍頭，將其伸入空氣能熱水器的內部進行沖洗，利用高壓水流的沖擊將水垢沖掉。這種方法效果較好，但操作時需要注意安全，防止高壓水槍對熱水器造成損壞。

使用專用除垢劑：市面上有專門用于空氣能熱水器的除垢劑，按照說明書的要求將適量的除垢劑加入到水箱中，加入適量清水后開啟循環系統，使除垢劑在水箱內循環流動，與水垢充分接觸并發生反應，一般需要浸泡一段時間，具體時間根據水垢的嚴重程度而定，通常為幾個小時到十幾個小時不等，之后再用清水多次沖洗水箱，將除垢劑和溶解的水垢沖洗干凈。

自制酸堿溶液除垢：常見的酸性物質如檸檬酸、醋酸等可以用于除垢。將適量的檸檬酸或醋酸溶解在水中，配制成一定濃度的溶液，倒入空氣能熱水器的水箱中，啟動循環系統，讓溶液在水箱內循環，使水垢逐漸溶解。之后同樣需要用清水反復沖洗水箱，以去除殘留的酸堿溶液和溶解的水垢。不過，使用酸性物質除垢時要注意控制濃度和浸泡時間，以免對熱水器的水箱和管道造成腐蝕。

電子除垢儀：通過主機在水中產生一個頻率強度都按一定規律變化的感應電磁場，使水中的成垢離子結合成大量的文石晶核，當水中礦物質含量超過水的飽和溶解度時，成垢離子就會析出并優先生長在這些晶核上形成文石晶體，取代了方解石晶體的析出，而文石晶體呈松軟絮狀，很容易被水沖走。其優點是安裝簡單，無須切割打孔，無須更換電極和保養，耗電量極小，但推廣上由于廠商意見不一，導致應用受限。

防垢過濾器：在空氣能熱水器的進水口安裝防垢過濾器，可以有效過濾水中的雜質和部分鈣鎂離子，減少水垢的形成。定期清洗或更換過濾器的濾芯，以保證其過濾效果。