气相色谱测定仪主要是分析具有一定挥发性的物质，液相色谱测定仪可以分析一般的有机化合物，但挥发性太强的不是很适应，液相色谱仪对高沸点，极性强的物质有优势。
气相色谱测定仪与液相色谱测定仪在分离原理，应用范围，仪器构造上的区别。
气相色谱测定仪：
分离原理：气相色谱是一种物理的分离方法。利用被测物质各组分在不同两相间分配系数(溶解度)的微小差异，当两相作相对运动时，这些物质在两相间进行反复多次的分配，使原来只有微小的性质差异产生很大的效果，而使不同组分得到分离。
应用范围：气相色谱法具有分离能力好，灵敏度高，分析速度快，操作方便等优点，但是受技术条件的限制，沸点太高的物质或热稳定性差的物质都难于应用气相色谱法进行分析。一般对500℃以下不易挥发或受热易分解的物质部分可采用衍生化法或裂解法。
仪器构造：由载气源、进样部分、色谱柱、柱温箱、检测器和数据处理系统组成。进样部分、色谱柱和检测器的温度均在控制状态。
液相色谱测定仪
分离原理：高效液相色谱法是在经典色谱法的基础上，引用了气相色谱的理论，在技术上，流动相改为高压输送(输送压力可达4.9′107Pa);色谱柱 是以特殊的方法用小粒径的填料填充而成，从而使柱效大大高于经典液相色谱(每米塔板数可达几万或几十万)；同时柱后连有高灵敏度的检测器，可对流出物进行连续检测。
应用范围：高效液相色谱法，只要求试样能制成溶液，而不需要气化，因此不受试样挥发性的限制。对于高沸点、热稳定性差、相对分子量大(大于 400 以上)的有机物( 些物质几乎占有机物总数的 75% ～ 80% )原则上都可应用高效液相色谱法来进行分离、分析。 据统计，
仪器构造：高效液相色谱仪主要有进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统组成。
