西北区域次氯酸钠投加系统水处理装置的杀灭作用是通过水解产生次氯酸，然后分解产生新的生态氧。其强大的氧化活性使细菌和病毒表面的蛋白质变性，从而杀死病原微生物。其实氯消毒的原理主要是通过产生次氯酸，然后释放新的生态氧来进行的。二是在灭菌解毒过程中，次氯酸不仅能作用于细胞壁和病毒外壳，而且由于其分子小，不带电荷，能渗入细菌（病毒），与细菌（病毒）中的蛋白质、核酸、酶等有机高分子物质发生反应，杀死病原微生物。在此基础上，次氯酸产生的氯离子可显著改变细菌和病毒体的渗透压，次氯酸钠发生器可使细胞失去活力，导致细胞死亡。

此外，西北区域次氯酸钠投加系统水处理装置还可以分解蔬菜、水果等农副产品上残留的微量药物。大多数农药都是由有机物组成的，次氯酸钠发生器释放的新氧气可以氧化分解这些物质。这无疑将对现代农业和果蔬包装行业的发展起到重要的推动作用。也可以肯定的是，由于次氯酸钠发生器产生的消毒剂不像氯、二氧化氯等消毒剂那样在水中产生游离氯，所以由于游离氯的存在，一般很难形成对人体有害的致癌物；不像臭氧，只要空气中有微弱的量（0.001mg/m），就会对生命造成伤害和毒害。此外，由于氯气与水反应生成盐酸，次氯酸钠发生器的水消毒不会对金属管造成严重腐蚀。