除藻水处理臭氧发生器可以杀死水处理中的藻类，使死藻很容易被后续工艺去除。臭氧发生器可以作为去除藻类的预处理方法，与常规处理等技术相结合是处理富营养化水源水中藻类的有效途径之一。

藻类是*水处理实践中普遍存在的问题。当藻类含量高时，会影响混凝沉淀，增加混凝剂的用量。堵塞过滤罐，缩短过滤罐的过滤周期；臭气和藻类毒素与氯气反应形成氯化消毒副产物，降低饮用水安全性。将臭氧发生器与膜分离技术和无菌灌装系统相结合的灭菌技术应用于酿造行业的酱油、醋和酒的生产中，可以提高产品的质量和档次。

藻类毒素正在成为藻类污染的另一个焦点。在一定条件下，臭氧发生器可以有效去除一些藻类毒素。具体去除率主要取决于臭氧发生器的用量，其次取决于原水水质（藻毒素类型、有机物性质和浓度、碱度等）。

除藻水处理臭氧发生器的试验结果表明，含40-50万个单细胞藻类和原生动物的海水经臭氧发生器处理30分钟后，显微镜观察发现所有原生动物均爆炸死亡。经臭氧发生器处理后用于水处理的海水继续培养两周，试验中未发现生物，水质清澈透明。取赤潮海水进行臭氧处理30分钟后，赤潮海水被氧化成白色透明，水中有夜光虫。

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