二手環氧乙烷滅菌柜滅菌程序包括預熱、預濕、抽真空、通入氣化環氧乙烷達到預定濃度、保持滅菌時間、排除滅菌柜內環氧乙烷氣體、分析去除滅菌物品中環氧乙烷殘留。環氧乙烷與二氧化碳的混合物可用于環氧乙烷滅菌。禁止使用氟利昂。分析可在環氧乙烷滅菌柜或專用通風柜中繼續進行。一般不宜采用自然通風方式。對反復輸入的空氣進行高度過濾，可過濾≥0.3um顆粒99.6%以上。
二手環氧乙烷滅菌柜環氧乙烷殘留主要指環氧乙烷滅菌后殘留在口罩和包裝材料中的環氧乙烷及其兩種副產物氯乙烷和乙二醇乙烷；過度接觸環氧乙烷殘留物會導致患者灼傷和刺激。環氧乙烷殘留量與滅菌材料、滅菌參數、包裝材料及包裝尺寸、裝載量、分析參數等有關。口罩一般在60℃時，分析時間為8h；50℃，分析12h。其他一些材料可以縮短分辨時間，比如金屬和玻璃可以立即使用，還有一些材料需要延長分辨時間，比如器械的內置心臟起搏器。滅菌物品中環氧乙烷殘留量應小于15.2mg/m3；滅菌環境中環氧乙烷的濃度應低于2mg/m3。
二手環氧乙烷滅菌柜環氧乙烷的排放：口罩消毒后，環氧乙烷的排放優先于大氣。安裝時有要求，必須有專門的排氣管系統，排氣管材質必須是環氧乙烷，如銅管。排氣口7.6m范圍內不得有易燃物和建筑進風口，如門窗；如果排氣管垂直部分的長度超過3M，則必須安裝集水器。不要使排氣管凹入或成圈，造成冬季濕氣積聚或結冰，堵塞管道；排氣管應引向室外，出口處倒轉向下，防止水分滯留在管壁上或堵塞管壁；需結合環氧乙烷滅菌器廠家要求請專業安裝工程師進行安裝。如果環氧乙烷排入水中，整個排放系統（管道、水箱等）必須密封，否則大量熱環氧乙烷會從水中溢出，污染周圍的工作環境。
