在液相色譜儀檢測分析過程中，硅膠色譜柱上被吸附的樣品成分累積到一定程度時，就開始形成新的固定相。新的檢測物質能與殘留雜質作用形成一定的分離機理，從而導致保留時間波動，出現(xiàn)拖尾現(xiàn)象。隨著時間的積累，色譜柱的反壓就會超過泵所能承受的最大壓力，使色譜柱無法工作以及在堵塞處產生空體積。
清洗色譜柱的頻率主要看有多少強保留物質流經色譜柱，因為反相柱有時候在分辨率消失或者鬼峰出現(xiàn)前能承受很大的污染，使用者經常會等到出現(xiàn)了異常情況才開始注意。然而，污染物過多的累積會導致清洗柱子的難度加大。所以，經常用雜質較多的樣品上樣時，應當有規(guī)律地清洗柱子。
再生被污染的液相色譜柱的關鍵是了解污染物的性質并且找到適當?shù)娜軇﹣砬宄?。如果污染是因為重復進樣時強保留物質的累積引起的，可用90～100%較強的溶劑沖洗20個體積可以清除污染物。例如，柱子中殘留的脂質就能用非水溶劑如甲醇、乙晴、四氫呋喃。如果使用的是緩沖液系統(tǒng)，不要直接切換到強溶劑，突然轉換到高濃度有機溶劑可能會使HPLC流動體系中的緩沖液沉淀，這樣會導致更大的問題如柱頭堵塞、管道堵塞、泵泄漏、活塞損傷或進樣閥轉軸失靈。應該先用無緩沖流動相(即把緩沖液換成水)沖洗5～10個體積以后才更換強溶劑。
有時候，強溶劑也沒法把殘留在色譜柱上的污染物洗掉。那么就需要使用更強的溶劑或者多重溶劑來清洗柱子。一般來說，所有的清洗方法都有類似的形式。所用的溶劑都是隨溶劑強度增加，經常最后一個溶劑是非常疏水的(如醋酸乙酯)，可以用來溶解非極性物質如脂質和油類。在使用多重溶劑時，須保證每個溶劑都能與下一個溶劑互混。清洗過程要結束時，必須借助一個中等強度能互混的溶劑而回到原始溶劑系統(tǒng)。例如，異丙醇是一個非常好的作為中間步驟的溶劑，因為它能與正己烷或二氯甲烷互溶又能與水相溶劑互溶。但是異丙醇粘度非常大，必須確保較低的流速以免使泵壓過高。當然，如果使用紫外檢測器的話，避免溶劑在紫外區(qū)域有吸收，要不然需使用大量的溶劑沖洗才能使基線平穩(wěn)。
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