微生物的保存方法很多，根据不同的微生物菌（毒）株或不同的实验要求，可选用不同的保存方法，其中常见的有斜面保存法，穿刺保存法、液体石蜡保藏法、沙土管保存法、冷冻保存法、真空冷冻干燥保存法。其中真空冷冻干燥保存法方便复活、保存期长，运输和保存方便，活菌率高。

冷冻干燥是将菌体悬浮液冷冻到冰点以下，从而转变为固体结晶态，然后在低温低压(真空)下使固体升华而脱水的干燥方法。一般干燥处理过程会破坏微生物的细胞膜，引起细胞的大量死亡，因此需要添加?；ぜ?，能够使菌液密度均一，减少活菌在冻干过程中的机械效应和溶质效应带来的死亡。因此，在冻干前加入的保护剂配方就成为了至关重要的决定性因素，它既会影响到储存期细胞的活性以及稳定性，也会影响到复水时细胞存活率。

     冻干法是长期保存细菌、酵母、真菌、病毒和立克次氏体的标准方法（在冻干前一般要加冷冻保护剂，这样可使细胞免除在冷冻初期因形成冰晶而造成的损害。ATCC 常规用10％脱脂奶或12％蔗糖作为冷冻?；ぜ?，而美国农业部（USDA）的农业研究服务机构的实验人员用?；蚵硌遄魑⑸锏睦涠潮；ぜ粒?。在菌液中加入甘油和二甲亚砜（DMSO）也可防止冷冻中微生物的死亡，但实际操作中应根据不同微生物决定应用或不用?；ぜ?/font>。
    真空冷冻干燥法保存菌种的步骤主要包括：

1、微生物培养，培养获得健壮的菌种扩培液体。培养时根据菌种选择不同的培养基。培养到对数期获得大量健壮的菌种，保证菌体浓度，一般达到10⁹的浓度.

2、离心收集菌体。通过离心法从液体培养基中获得菌体。如果是固体培养基可以直接收集菌落，用?；ぜ寥芙饣煸取?/font>

3、将菌体、脱脂奶粉、海藻糖、蔗糖等?；ぜ猎谖蘧谢煸鹊玫胶斜；ぜ恋木寤煨?。

4、分装。将菌体混悬液在无菌环境中分装到无菌容器中，可以是安瓿瓶、西林瓶、EP、培养皿等。

5、预冻，预冻是非常关键的。预冻不好，菌体会死亡。要快速预冻，防止产生大冰晶造成细胞死亡。预冻要冻结实，保证预冻充分。

6、将预冻好的菌体，放入真空冷冻干燥设备中进行冻干。如果是设备带预冻功能，也可以直接在冻干机上进行预冻。真空冷冻干燥时间和冻干曲线的 设计要根据菌种的不同和菌体混悬液的浓度等进行设计。冻干好后真空密封保存。

   微生物冻干法采用的冻干设备可以有多种选择，从实验室冻干机到研发型冻干机都可以适用。如以下系列冻干机都可以用来冻干保存微生物。