标准菌株，来自国内或国际菌种保藏中心保藏的，遗传学特性得到确认和保证并可追溯的菌株。亦称模式菌株 。在给某细菌定名，分类作记载和发表时，为了使定名准确和作为分类概念的准则，以纯粹活菌(可繁殖)状态所保存的菌种。在标准菌种中，对于从作过原始记载的作者实际分离或应用的菌株，通过营养繁殖获得和保存的菌株，称为正标准菌株。此外，当原作者使用复数菌株，以后的研究者选择其中之一作为*适当的菌株时，称该菌种为选定标准菌株。当原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，记载后，确认可以作为国际上正标准菌株的代替菌株时，称该菌株为新模式菌株。

质控菌株本质上是标准菌株的商业衍生产品，其应有可靠的溯源证明追溯至其使用的标准菌株来源，在微生物实验室仅可作为工作菌株进行使用，质控菌株可以用来做阳性对照，用于质量控制，不具备代表性。

标准/质控菌株主要来源

美国菌种保藏中心

American Type Culture Collection Center,ATCC

中国普通微生物菌株保藏中心

China General Microbiological Culture Collection Center,CGMCC

工业微生物菌种保藏管理中心

China Center for Industrial Culture Collection ,CICC

中国医学微生物菌种保藏中心

China Center for Medical Culture Collection ,CMCC