传统的菌落计数器使用时，是将计数笔连接到主机上，打开电源开关，将培养皿放在白光板上，打开白光灯，用计数笔触动计数，LED显示屏显示所计数量;计数成可用计数笔在稿纸上暂记总数，重新开关电源，LED显示屏自动归零，二次计数与稿纸上次总数，数量相同可得较准确的结果。同时，按照细菌计数检验规程规定，只培养皿中细菌生长数过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性，所以，般的菌落计数器仪器显示计为三位数。
使用方法及能衍变
传统的菌落计数方法费时费力并且错误率较大，是种人操作的方法。
现在随着科的步，菌落计数日趋善。主要体现在配置越来越，能越来越。计数的速度越来越快，准确性也越来越。具体体现在下面几个方面:
1、成像方面，传统的手动菌落计数器，使用的是放大镜，般可放大1.7倍到3倍。现在使用的菌落计数器已经具有了图片拍摄能，而且CCD的规格越来越，现在市场上销售的仪器所配置的CCD规格是300到1000像素不等，分辨率也从原来的0.08mm增强到了现在的0.01mm，图像清晰度大大提。另外应基层微生物实验室的使用需求，还增加了图像性获取能。
2、图像处理能，具有图像调节，图像增强，图像滤波，边缘检测，形态学运算等，这些都是传统的菌落计数器所没有的。
3、在统计能方面，不再局限于传统的数量统计。现在市场上出现的自动菌落计数器，已经增加了些智能识别，可皿菌落统计，区域选择统计，鼠标点击统计，排污区域计数，直径分类统计，颜色识别统计等。更的自动菌落计数器还带有自动杂质剔除，菌落粘连分割大肠杆菌等等。
4、测量能和抑菌圈自动测量方面也是原来的菌落计数器所没有，更有的仪器已经具有了药敏分析能。不过，这种菌落计数器多用在微生物实验室等数据要求较的域，价格也不便宜，市场价多在8，9左右。
5、在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用限，数据修改限设置等，使测量的数据更加安。同时，还可以在线编辑，报表打印。
总之，随着科学的发展，菌落计数器也在不断的改。需求者可以根据自己的计数侧重点行选购.
