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但CE与质谱接口的稳定性不足、CE方法重复性略差、电泳分离过程受pH值和温度等因素的影响，以及蛋白酶解物在电泳过程中的吸附造成样本损失等问题的存在，限制了CE-MS在单细胞蛋白质组学中的进一步应用。
对细胞的精确认知是理解细胞在生理和病理过程中功能的先决条件。传统研究手段是针对细胞群体进行分析，获得大量细胞的平均化结果，无法区分不同细胞个体对于样品异质性的精确贡献值，从而忽视或掩盖了单细胞的个体差异。
单细胞内蛋白质种类繁多，丰度低，动态分布范围宽且无法扩增，因此对检测手段提出了更高的灵敏度要求。在众多高灵敏分析方法中，荧光检测方法的灵敏度可以达到单分子水平，并且具有动态跟踪能力，但是其蛋白质检测通量有限。然而电化学检测方法虽然细胞干扰小，但受限于蛋白质通量以及电化学活性的要求，无法对多种蛋白质进行同时检测。
质谱作为研究蛋白质组学的一种常规方法，其灵敏度高，通过已有的蛋白质数据库，可以同时对上万种蛋白质进行定性以及定量，并且可以提供丰富的蛋白质结构信息。但是由于单个体细胞内的蛋白质总量平均只有约100pg，利用质谱直接进行检测会面临样本复杂度和单细胞灵敏度等挑战，因此质谱前的分离技术对于提高方法检测灵敏度以及蛋白质定性定量的准确度来说十分必要。
细胞是构成生物体的基本单位，由于遗传因素、生化噪音、细胞微环境等诸多因素使得单个细胞之间存在着广泛的异质性。因此，单细胞研究不仅可使人类对细胞与生命的本质有更为精确的认识，同时也为疾病的诊断、分型、治疗以及预后提供了更为强有力的工具。蛋白质作为生命活动的主要承担者，可以为其提供更为直接且更有价值的表型信息，因此成为单细胞研究的热点目标。
单细胞蛋白质组学服务需要注意的要点如下：
注意数据的质控。
预处理和质控时，注意去除低质量单细胞数据。
在做生信分析前，建议再次筛选出高质量单细胞数据集。
