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PCR產物一般都含有過量的引物、 Taq DNA酶及dNTP，這些成分的存在將直接影響到后續的酶切、雙脫氧PCR測序反應等過程,因此有必要除去。目前核酸純化的方法有很多,商用化試劑盒的出現使得DNA的純化過程變得更加簡便快捷。PCR擴增完成后需要進行瓊脂糖凝膠電泳檢測，在條帶單一無其他雜帶的情況下，可以直接對產物進行純化，常見的純化方法有：
一、產物直接純化：
1、硅膠層析柱法
原理：大多數離心柱中吸附DNA的是一層硅膠膜，實際上就是一層玻璃纖維，其表面有大量修飾的硅羥基（Si-OH），硅羥基在溶液中解離后帶負電，然后與帶正電鹽離子、帶負電DNA形成電橋，從而吸附住DNA，使得DNA雙鏈變單鏈，不會被生物大分子溶劑洗脫，但能經水溶性緩沖液水化后，被定量回收，從而實現純化分離。

              圖1 硅膠層析原理示意圖

2、磁珠法（abs60151）
原理：磁珠是有磁性的能吸附DNA的物質，其內部核心是鐵離子，在磁場作用下可以吸附在磁體上。在核心外，經過羧化，帶有羧基基團，在特定的離子條件下，可以與DNA結合。結合后，在外磁場的作用下，磁珠與DNA結合體移動到磁體周圍，可以很方便去除其他多余的液體，這時，不能與磁珠結合的所有雜質都隨水溶液一并去除。然后，在洗脫條件下，DNA與磁珠分離，溶解在水中，將溶解有DNA的溶液轉移，就得到了純化后的DNA樣本。

                        圖2 磁珠法結構示意圖


3、其他純化方法
①滲透液結合醇沉純化
原理：利用分子大小不同，小分子的物質能夠通過滲透膜溶解到大量的溶液中去，而大分子的物質不能通過滲透膜，所以繼續留存在透析袋中，通過乙醇沉淀最后達到去除小分子物質，得到純化的有機大分子的效果。
②直接沉淀純化
原理：DNA分子在高鹽離子醇溶液中會被沉淀出來，而其他物質繼續溶液在溶液中，沉淀出來的DNA分子經過離心與溶液成分分開，達到純化的目的。
不同純化方法對比：

二、其它，凝膠回收純化：
如電泳檢測結果存在非特異性條帶，則需要將目的條帶切出來，再用膠回收試劑盒（abs60098）對凝膠進行回收純化，相較于直接純化，只是多了一步溶膠的過程，相應的產物純度提高，回收率則下降。
結語：
在PCR擴增完成后，反應體系中除了DNA片段，還存在離子、dNTP、引物及聚合酶等物質，這些物質會影響后續克隆測序等實驗，因此對其產物進行純化是必要步驟，不同的純化手段各有自己的優缺點，可以根據自己的需求選擇適合自己的方法。