組合索引：通過對細胞進行組合條形碼標記，給每個細胞及其內的核酸分子加上標簽。這樣在后續(xù)的測序分析中，就可以根據這些標簽來區(qū)分不同細胞的基因表達和染色質可及性信息，實現對大量單細胞的同時分析，大大提高了通量。

微液滴過載技術：將帶有不同標簽的細胞和相應的試劑包裹在微液滴中。通常情況下，一個微液滴中會包含一個細胞以及用于裂解細胞、釋放核酸、進行標記和擴增等反應的試劑。通過這種方式，在微液滴內實現對單個細胞的基因表達和染色質可及性的同步檢測。“微液滴過載" 策略則是在一個微液滴中同時處理多個細胞，進一步提高了實驗效率，使得一次實驗可并行分析數十萬乃至百萬級細胞，同時降低了單個細胞的成本1。

測序與數據分析：對微液滴中標記和擴增后的核酸進行測序，得到基因表達和染色質可及性的數據。然后通過生物信息學方法對這些數據進行分析，根據細胞的標簽信息將不同細胞的數據分開，并分別對基因表達和染色質可及性進行分析，同時還能在單細胞水平上研究兩者之間的相互關系。