培養(yǎng)箱內相對濕度的控制是非常重要的，維持足夠的濕度水平才能保證不會由于過度干燥而導致培養(yǎng)失敗。大型的二氧化碳培養(yǎng)箱是用蒸汽發(fā)生器或噴霧器來控制相對濕度水平的，而大多數中、小型培養(yǎng)箱則是通過濕度控制面板（humidity pans）的蒸發(fā)作用產生濕氣的（其產生的相對濕度水平可達95-98％）。一些培養(yǎng)箱有一個能在加熱的控制面板上保持水份的濕度蓄水池（humidity reservoir），這樣可以增強蒸發(fā)作用，此蓄水池能增加相對濕度水平達97-98％。但是，這個系統也更復雜，由于復雜結構的增加一些難以預料的問題也會在使用過程中出現。

每一個使用者都希望所用的儀器能夠方便好用，微處理控制系統和其它各種功能附件（如高溫自動調節(jié)和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置、自動校準系統等等）的運用，就使得二氧化碳培養(yǎng)箱的操作和控制都非常的簡便。微處理控制系統是維持培養(yǎng)箱內溫度、濕度和CO2 濃度穩(wěn)態(tài)的操作系統。