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上海嘉鵬

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PCR引物設(shè)計(jì)原則簡(jiǎn)介

2016-3-8 閱讀(3115)

實(shí)驗(yàn)步驟

首先引物與模板的序列要緊密互補(bǔ),其次引物不能在模板的非目的位點(diǎn)引發(fā)DNA 聚合反應(yīng)(即錯(cuò)配) ,再次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)。引物設(shè)計(jì)應(yīng)注意如下要點(diǎn):

1.引物的長(zhǎng)度一般為15-30 bp,常用的是18-27 bp。

2.引物序列在模板內(nèi)應(yīng)當(dāng)沒(méi)有相似性較高,尤其是3’端相似性較高的序列,否則容易導(dǎo)致錯(cuò)配。引物3’端出現(xiàn)3 個(gè)以上的連續(xù)堿基,如GGG 或CCC,也會(huì)使錯(cuò)誤引發(fā)機(jī)率增加。

3.引物3’端的末位堿基對(duì)Taq 酶的DNA 合成效率有較大的影響。不同的末位堿基在錯(cuò)配位置導(dǎo)致不同的擴(kuò)增效率,末位堿基為A 的錯(cuò)配效率明顯高于其他3個(gè)堿基,因此應(yīng)當(dāng)避免在引物的3’端使用堿基A。

4.引物序列的GC 含量一般為40-60%,過(guò)高或過(guò)低都不利于引發(fā)反應(yīng)。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5.引物的另一個(gè)重要參數(shù)是熔解溫度(Tm)。這是當(dāng)50%的引物和互補(bǔ)序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時(shí)的溫度。合理的退火溫度從55℃到70℃。為獲得*結(jié)果,兩個(gè)引物應(yīng)具有近似的Tm值。
 

6.引物二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)也可能導(dǎo)致PCR 反應(yīng)失敗。應(yīng)該盡量避免。

  上海嘉鵬科技有限公司專業(yè)生產(chǎn):紫外分析儀、三用紫外分析儀、暗箱式紫外分析儀、暗箱三用紫外分析儀、暗箱紫外分析儀、手提式紫外分析儀、三用紫外分析儀暗箱式、紫外檢測(cè)儀、部分收集器、恒流泵、蠕動(dòng)泵、凝膠成像系統(tǒng)、凝膠成像分析系統(tǒng)、化學(xué)發(fā)光成像分析系統(tǒng)、光化學(xué)反應(yīng)儀、旋渦混合器、漩渦混合器、玻璃層析柱、梯度混合器、梯度混合儀、核酸蛋白檢測(cè)儀、玻璃層析柱、熒光增白劑測(cè)定儀、餾分收集器、切膠儀、藍(lán)光切膠儀、層析系統(tǒng)等產(chǎn)品。咨詢。



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