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液相色譜儀因其對沸點低的高分子化合物的精度較高，在生物醫(yī)藥行業(yè)有較為廣泛的應(yīng)用。用來分離生物分子的聚合柱長期使用會被污染，從而較低柱效，影響檢測的速率和靈敏度。因此，須定期進行清潔。
    聚合材料的化學(xué)穩(wěn)定性通常以作用力來衡量。一般情況下，主要使用硝酸或氫氧化鈉溶液來清洗。一些反相聚合色譜柱的清洗方法如用聚苯乙烯－二乙烯基苯小球和聚合單體，如CIM RP－SDVB片和Swift柱子，能耐寬的pH范圍（通常pH11～13或有時pH0～14），但使用者用強有機溶劑沖洗柱子時要注意，由其交聯(lián)度決定，當柱子用某些有機溶劑沖洗時就會膨脹或收縮。高于8～10%交聯(lián)度的聚合物通常有較好的機械性能在水溶液中收縮很少，在有機溶劑中膨脹也不大。
    再生聚苯乙烯－二乙烯基苯整體柱的方法如下：使用含0.1%的2－丙醇在一半工作流速下沖洗10個柱體積以上；100%流動相B在工作流速一半的條件下沖洗5個柱體積以上；用100%流動相A在工作流速下至少平衡10個體積以上。
    含有丁基和乙基化學(xué)物質(zhì)甲基丙烯酸酯整體柱的清洗方法，清洗液相色譜硅膠鍵合反相柱上的蛋白質(zhì)殘留可以通過按順序反向沖洗10個柱體積的氫氧化鈉、水、20%乙醇溶液和工作緩沖液來清除。如果有很多疏水蛋白質(zhì)，使用者應(yīng)該在水以后插入一個30%異丙醇或70%乙醇的步驟。
    如果要清洗或滅活微生物菌落，聚苯乙烯－二乙烯基苯可以用0.5～1.0M的氫氧化鈉*清洗。整體柱在室溫下至少要用氫氧化鈉洗一個小時。
    用傳統(tǒng)聚合基質(zhì)裝填的柱子來分離一些溶解度很小的蛋白質(zhì)如膜蛋白、結(jié)構(gòu)蛋白、和病毒外殼蛋白等需要用較強的清洗條件。例如含3M鹽酸胍的50％異丙醇溶液在60℃才能把這些蛋白質(zhì)除去。
    在固相樹脂中去除合成肽能產(chǎn)生重新激活被苯甲醚和苯硫基甲烷清除的正離子。清除正離子反應(yīng)產(chǎn)生了大的芳香族分子，這些芳香族分子會在肽純化時污染柱子。這種污染物在C18色譜柱子上有非常高的保留沒法被100%的甲醇或乙晴洗出。要清洗這類柱子，必須把柱子反向用5體積100%異丙醇，三到五個體積二氯甲烷，然后三到五體積異丙醇，zui后到初始溶劑系統(tǒng)。芳香族不純物的洗脫可以通過260nm紫外檢測。