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三維基因組Hi-C技術(shù)解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細(xì)胞核為研究對象，利用高通量測序技術(shù)，結(jié)合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內(nèi)整個染色質(zhì)DNA在空間位置上的關(guān)系，獲得高分辨率的染色質(zhì)調(diào)控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，從基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)來闡述生物體性狀形成的相關(guān)機(jī)制。
一、技術(shù)優(yōu)勢
1、無需專門構(gòu)建群體，單個樣本實現(xiàn)輔助基因組組裝；
2、率高，人類基因組錨定染色體率為98%，排序和定；
3、周期短，性價比高。
二、技術(shù)流程
1、用甲醛對細(xì)胞進(jìn)行固定，使DNA與蛋白，蛋白與蛋白之間進(jìn)行交聯(lián)；
2、進(jìn)行酶切（如Hind III等限制性內(nèi)切酶），使交聯(lián)兩側(cè)產(chǎn)生粘性末端；
3、末端修復(fù)，引入生物素標(biāo)記，連接；
4、解交聯(lián)，使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分開，提取DNA，打斷，捕獲帶有生物素標(biāo)記片段，進(jìn)行建庫； 5、測序。
三、生物信息學(xué)分析流程
四、輔助基因組組裝流程
五、應(yīng)用領(lǐng)域
1．染色體跨度的單倍型圖譜構(gòu)建 為疾病風(fēng)險預(yù)測提供思路 為腫瘤形成機(jī)制提供依據(jù)
為農(nóng)業(yè)動植物經(jīng)濟(jì)性狀連鎖標(biāo)記及基因組進(jìn)化奠定基礎(chǔ)
2．探索基因組的3D結(jié)構(gòu)
有助于了解基因組折疊對基因表達(dá)的影響
有助于了解基因組三維結(jié)構(gòu)對細(xì)胞發(fā)育，分化及細(xì)胞命運的決定
3．開發(fā)調(diào)控基因的DNA元件
揭示基因組遠(yuǎn)程調(diào)控元件介導(dǎo)的分子網(wǎng)絡(luò)
通過分析調(diào)控元件空間互作熱點，開發(fā)潛在的藥物作用靶點
4．Hi-C輔助基因組組裝 輔助動植物基因組組裝
宏基因組組裝及菌群分類
六、送樣要求
1、細(xì)胞交聯(lián)
2.5×106細(xì)胞量滿足一個標(biāo)準(zhǔn)Hi-C文庫，建議培養(yǎng)5×107至1×108，保證實驗可重復(fù)性
2、組織DNA
提供組織DNA量為15-20ug
3、運輸方式 足量干冰運輸