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傳統(tǒng)蒸餾是基于不同物質(zhì)的沸點(diǎn)差進(jìn)行分離的，因此在沸點(diǎn)溫度下易氧化、分解或聚合的某些物質(zhì)難以分離。
分子蒸餾的分離作用則是利用液體分子受熱時(shí)會(huì)從液面逸出，不同種類分子逸出后的運(yùn)動(dòng)平均自由程不同而實(shí)現(xiàn)物質(zhì)的分離。

　混合液沿加熱板向下流動(dòng)，被加熱后，輕、重分子均向氣相逸出，由于輕、重分子自由程不同，輕分子自由程大，可達(dá)到冷凝板，冷凝后沿冷凝板向下流動(dòng)，重分子自由程小，達(dá)不到冷凝面而在氣相中飽和，并返回液相，沿加熱板向下流動(dòng)，從而形成輕、重分子的分流與分離。

　分子蒸餾具有操作真空度高、加熱溫度低、受熱時(shí)間短、分離程度高等特點(diǎn)，因此，特別適宜于高沸點(diǎn)、熱敏性及易氧化物質(zhì)的分離。分子蒸餾較傳統(tǒng)蒸餾具有明顯的技術(shù)及經(jīng)濟(jì)優(yōu)勢(shì)：

1、產(chǎn)品質(zhì)量高。由于分子蒸餾操作溫度低、受熱時(shí)間短，可以獲得純度高而且原有品質(zhì)保持好的產(chǎn)品，對(duì)于天然物質(zhì)尤其重要。

　2、產(chǎn)品成本低。由于分子蒸餾的分離效率高、產(chǎn)品得率高，從而可大大降低生產(chǎn)成本。