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当前，实验室超纯水机系统主要应用于下面两个领域：
1、 生命科学的应用范畴
生命科学的应用范畴主要有：细菌、细胞培养，临床生物化学方面，电泳，电生理学，酶联免疫吸附分析，内毒素分析，组织学，水栽培，细胞免疫化学，哺乳动物细胞培养，介质制备，微生物分析，分子生物学，单克隆抗体研究，植物组织培养，放射性免疫分析等用水。
2、分析以及常规应用范畴
分析和常规应用范畴用水主要有：蒸馏水器用水，蒸汽发生器，玻璃器皿，样本稀释和试剂制备，超纯水系统供水，固相萃取，普通化学，电化学，分光光度计，TOC分析，水质分析，离子色谱，火焰法原子吸收（Flame-AAS），石墨炉原子吸收（GF-AAS），高效液相色谱（HPLC），液质联用（HPLC-MS），电耦合等离子光谱仪（ICP-AES），等离子质谱（ICP-MS），痕量金属检测，气质联用（GC-MS）等用水。
而对水的纯度要求很高的几个主要应用：电泳、内毒素分析、石磨炉原子吸收光谱、、电感耦合等离子光谱仪、等离子质谱、、质谱分析、痕量金属检测，现在越来越多的应用开始要求使用纯度高的超纯水。
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