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自身免疫抗体是机体在非正常状态下，由机体自身免疫系统分泌的针对机体自身蛋白的抗体。比如：系统性红斑性狼疮疾病产生的抗体。自身抗体产生的原因有很多，具体机理还有待研究。多数学者认为：一些自身抗体的产生是由于遗传因素和环境因素共同作用的结果，比如：一些病毒性疾病或长期在处于有毒化学毒素下，都可以能导致自身免疫疾病。自身免疫疾病源于机体对自身体内或组织产生免疫应答。换句话说，免疫系统将机体自身的物质误认为病原。这主要局限于一些特定组织：（比如：甲状腺）。自身免疫疾病的治疗主要依赖于免疫调节药物用于降低免疫应答。