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PCR技术专题:PCR-SSP分析实验原理和步骤

2013-11-25  阅读(1214)

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[实验原理]

根据决定某等位基因的碱基性质,设计3′端*个碱基分别与各等位基因的特异性碱基相匹配的序列特异性引物,在PCR反应过程中,只有引物3′端*个碱基与决定特定等位基因的碱基互补时才能实现DNA 片段的*复制,根据PCR 产物的有无进行等位基因的分型。

[实验器材]

PCR 扩增仪、电泳仪、电泳槽。

[实验试剂]

引物1:5′-GCATCAAGTACCACTGGT-3′;引物2:5′-GCATTAAGTACCACTGAG-3′;共通引物:5′-GAGAAGTTGAGAAAGGGGT-3′。模板DNA、Taq 聚合酶、丙烯酰胺、电极缓冲液、上样缓冲液等

[实验方法]

1.PCR扩增PCR反应体系为20μl(2个体系,分别为引物1和引物2),含模板2μl(约50ng),引物各1.5μl,dNTP1.6μl(0.4mM),10×Buffer缓冲液2μl,Taq酶1.0U,加双蒸水至20.0μl;PCR反应条件为94℃4min,94℃1.5min/52℃2.0min/72℃2.0min,30个循环。

2.PCR 扩增产物的检测 取PCR扩增产物2μl,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳(T=6%,C=3.3%,凝胶规格为82mm×64mm×0.75mm)。电极缓冲液为1×TBE。将加有1/5体积上样缓冲液的酶切产物电泳,220 v 电压,电泳2-3h。银染显色

[结果判定]

根据电泳谱带的有无判定等位基因型别,仅有1 个体系检测到谱带者为相应特异性引物对应型(M 或N),2 个体系均检测到谱带者为MN 型。

[实验讨论]

1.注意事项 ①如引物结合序列存在碱基变异可能无扩增产物,导致错误判型;②在对照样品分型准确的基础上才能判定结果。

 

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