石英亞沸蒸餾水器在使用一段時間后，水垢就聚在橫式燒瓶內及加熱管表面上，這時必須要進行清洗，清洗的次數主要視自來水的硬度和使用時間而定，如儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的要損壞加熱管，并且清洗時間要延長。
石英亞沸蒸餾水器清洗步驟如下
1、切斷電源，關上自來水。
2、加入濃鹽酸100ml到橫式燒瓶內，與瓶內的水釋鹽酸，如積垢較多鹽酸可多加一些，數分鐘后由水位器放出，zui后用自來水沖洗數次，為了清除微量鹽酸，可將燒瓶前后搖動，使不易清洗的死角沖洗為上。
3、再次蒸餾時，開始10分鐘內所蒸餾的水，舍去不用。
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