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從噬菌體抗體文庫(kù)中分離抗原特異性抗體，是通過(guò)讓噬菌體進(jìn)入到在抗原上進(jìn)行的重復(fù)性選擇循環(huán)來(lái)實(shí)現(xiàn)的。理想情況下，僅需l輪選擇即可完成。但事實(shí)是，絲狀噬菌體常常非特異性地結(jié)合到支持物表面，從而限制了每輪所能獲得的富集水平。實(shí)際上，需要2～5輪的選擇?，F(xiàn)在已設(shè)計(jì)了許多各自不同的選擇方法；其中包括在固相支持物上包被抗原進(jìn)行生物淘選，使用免疫親和層析注或BIAcore傳感芯片，用生物素化抗原選擇E37J，多肽E383，在固定的原核生物E393或哺乳動(dòng)物E403細(xì)胞、組織培養(yǎng)細(xì)胞E41-433、新鮮細(xì)胞上進(jìn)行選擇，采用分揀流程如FACS和MACS進(jìn)行減數(shù)選擇，在組織切片或組織斷面上富集、內(nèi)化選擇E493以及原則上可在活體動(dòng)物中選擇，如在多肽噬菌體文庫(kù)方面所報(bào)道的做法。更復(fù)雜的選擇方法還包括“路徑發(fā)現(xiàn)者/代理分子”Pathfinder/Proximol和一些建立在通過(guò)抗體抗原相互作用恢復(fù)噬菌體感染性機(jī)制之上的選擇方法?？傮w上?選擇方法可分為兩大類：一類是用已知抗原嘗試分離抗體；另一類是用噬菌體抗體作為研究工具來(lái)尋找未知的靶抗原（例如針對(duì)細(xì)胞表面的抗原）。
如果可以得到純化抗原，選擇將zui為有效。。雖然選擇僅需少量抗原，但篩選所需要的抗原量就大了許多。總體上，500ug～lmg的抗原對(duì)于一系列選擇和篩選是綽綽有余的。如果采用低濃度抗原并能儲(chǔ)存及重復(fù)使用，那么，完成整個(gè)過(guò)程所用抗原量可少至100ug。通過(guò)采用封閉劑．如脫脂奶粉、明膠、酪蛋白、BSA或Tween20，可以抑制非特異性的噬菌體結(jié)合。
由于天然文庫(kù)中每種噬菌體抗體的拷貝數(shù)很少，因此*輪選擇條件要盡量采用非嚴(yán)謹(jǐn)條件?？傮w上，此階段增加嚴(yán)謹(jǐn)性會(huì)適得其反，因?yàn)檫@會(huì)減少洗脫下來(lái)的噬菌體數(shù)目，同時(shí)并未增加陽(yáng)性噬菌體的比例。*輪選擇后，每種單個(gè)噬菌體抗體數(shù)目大幅提高，而隨后洗滌的嚴(yán)謹(jǐn)性也可以加大許多。
zui常用的選擇方法涉及用抗原包被的塑料免疫管（Nunc）。這種試管結(jié)合力可以達(dá)到每平方厘米650ng抗原。但潛在的問(wèn)題是抗原表位會(huì)發(fā)生部分變性，結(jié)果造成所選擇的抗體并不識(shí)別天然抗原。盡管這并不常見(jiàn)，但仍可加以避免?？上扔每乖禺愋钥贵w包被此免疫管，或者用可溶性生物素化抗原在溶液中通過(guò)鏈霉親和素或親和素磁珠捕捉抗原及其所結(jié)合的噬菌體。
有兩種方法可有助于選擇到更高親和力的抗體。一種是在*輪后提高洗滌步驟的嚴(yán)謹(jǐn)性；另一種是在隨后的各輪選擇中降低抗原濃度。后種方法的前提是要用液相生物素化抗原的選擇方法。這是由于固相支持物上的抗原會(huì)產(chǎn)生以親和力為基礎(chǔ)的選擇。很典型的是，對(duì)于大容量無(wú)偏性的抗體文庫(kù)，所用的起始抗原濃度為300～500nmol/L，而在其后每一輪選擇時(shí)，抗原濃度都會(huì)降低5倍。
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