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DNA探針一般可以用32P, 35S或非放射性物質(zhì)如biotin及digoxigenin （DIG） 加以標(biāo)定；標(biāo)定時(shí)利用DNA聚合酶的活性，在DNA聚合反應(yīng)中，另加入 [α-32P] dATP,[α-32P] dCTP或DIG-11-dUTP等標(biāo)定物質(zhì)，所合成出來(lái)的即是被標(biāo)定的核酸片段。目前常見(jiàn)的方法包括nick translation, random priming與polymerase chain reaction（PCR） 等。 若須對(duì)DNA進(jìn)行end labeling時(shí)，可以進(jìn)行kinase或filling-in reaction。
前者以 [γ-32P] ATP為phosphate donor，利用T4 polynucleotide kinase的活性對(duì)帶有5’-OH的DNA進(jìn)行標(biāo)定。人工合成的寡核苷酸 （oligonucleotides） 5’端為-OH group，可直接用于kinase reaction；一般DNA片段，若5’端帶有phosphate group，先經(jīng)phosphatase處理，再進(jìn)行kinase reaction。 Filling-in reaction是將DNA以特定限制酶切開(kāi)，露出recessed 3’ termini后，利用Klenow的活性把3’端補(bǔ)齊 （filling-in）；因此，只要加入適當(dāng)?shù)?[α-32P] dNTP，即可在DNA的3’端進(jìn)行標(biāo)定。
此外，也可以應(yīng)用bacteriophage T4 DNA polymerase 的3’→5’ exonuclease 活性制造recessed 3’termini，再進(jìn)行filling-in。 至于正意股或反意股RNA探針，則可以 [α-32P] UTP或DIG-11-UTP等為標(biāo)定物質(zhì)，應(yīng)用胞外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)加以標(biāo)定。 下面要介紹的是目前zui常用的方法：random priming及PCR。
