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新技術(shù)突破單分子測(cè)序限制--寶葉

2012-5-4  閱讀(1521)

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一個(gè)概念上不同的方法就是納米孔測(cè)序,這種方法是讓單鏈DNA通過(guò)某種膜上的小孔,利用孔中變化的電流來(lái)讀取堿基序列信息。近期在基因組生物與技術(shù)大會(huì)(Genome Biology and Technology meeting)上,來(lái)自O(shè)xford Nanopore的技術(shù)總監(jiān)Clive Brown報(bào)道了他們完成的兩個(gè)病毒基因組序列,這些序列具有單復(fù)合堿基讀長(zhǎng)(single multikilobase reads)的特點(diǎn)。生物通 www.ebiotrade.com
然而盡管如此,納米孔測(cè)序技術(shù)仍然未得到證明,除非這些結(jié)果能夠發(fā)表,未來(lái)會(huì)告訴我們這一技術(shù)能走多遠(yuǎn)。

那么zui終限制磁測(cè)序技術(shù)發(fā)展的可能又有哪些呢?生物通 www.ebiotrade.com
同時(shí)進(jìn)行監(jiān)測(cè)的磁珠數(shù)目決定了密度可能與目前擴(kuò)增的測(cè)序儀相同(比如HiSeq 2000每平方毫米約75萬(wàn)次),這受限于磁珠的大小,連接DNA模板的長(zhǎng)度,以及光學(xué)分辨率限制。
成像速度受限于磁珠的機(jī)械運(yùn)動(dòng),而這又由拉動(dòng)力決定。有可能速度能達(dá)到每秒至少十微米(等同于游動(dòng)細(xì)菌的速度),也就是說(shuō)一秒鐘能完成十個(gè)開(kāi)閉循環(huán)。而實(shí)際上發(fā)夾結(jié)構(gòu)熔合和退火動(dòng)力學(xué)并不大可能受到限制,因此成像速度也許可以比每秒一張圖像更快。這似乎能滿(mǎn)足目前商業(yè)化“新一代”測(cè)序儀的要求,大大延長(zhǎng)讀長(zhǎng)。但是納米孔測(cè)序一旦成功,將難以匹敵——因?yàn)檫@種技術(shù)讀長(zhǎng)能達(dá)到100kb,比目前的儀器通量更大。生物通 www.ebiotrade.com
然而即使這項(xiàng)成果提出了令人信服的證據(jù),但這離實(shí)際操作,*測(cè)序方法還遠(yuǎn)。相反這一技術(shù)更多的也許是提出了許多可能性,比如定位將有助于提升單核苷酸差異檢測(cè)。這也開(kāi)啟了合成測(cè)序的可能性。
另外一方面,這種技術(shù)也有可能利用快速操控磁場(chǎng),進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)控測(cè)序。這些前景都很誘人,因?yàn)樗恍枰貜?fù)循環(huán)的試劑,從而簡(jiǎn)化了儀器設(shè)計(jì)。

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