荧光定量PCR因操作方便、运行速度快、实验结果准确，受到越来越多的分子生物学研究者青睐。想要选择一款适合自己需求的荧光定量PCR仪时我们该关注些什么呢？
1.仪器的检测通量
在购买定量PCR仪的时候要根据实验实的需要来选择不同通量的仪器。目前市面上的荧光定量PCR的检测通量小到16个多到384个。如果进行一般的基因表达研究或病原体检测，实在不必购买昂贵的仪器，96孔的通量足够用；需要寻找要新药靶点和疾病标记的实验室可以考虑购买384孔板的仪器。假如经费有限无法购买384孔板仪器的实验室，可以考虑购买运行速度快（带有FAST?？椋┑?6孔板荧光定量PCR仪。有了高通量的仪器，你会发现样品的制备和小体系、多样本的PCR体系构建成为限制实验速度和结果的颈瓶。所以高通量的实验室往往需要进一步的自动化仪器，只要“按一下钮”，仪器就会自动处理样品、纯化核酸和制备PCR模板。
2.多重扩增的能力
多重扩增越来越热。实时定量PCR仪也不能幸免。定量PCR仪拥有多个检测通道，因而仪器就可以检测同一个样品槽里多个模板的扩增过程。不过多重扩增并非人人适用，因为它使实验复杂化了。
3．软件
当你准备选择一台定量PCR仪，你必须要检测附带的软件。使用方便吗，是否可以进行你所需要的分析，输出格式有几种。不过，你需要留意，太容易使用的软件是不是功能比较简单而无法进行复杂计算，以前的软件还需要你做进一步分析，新的软件已经可以处理一切了。除了基本功能，部分软件还可以有更多的功能，比如引物和探针设计、多重分析设计、背景校正、数据归一化等等。
4.灵活性
大规模繁忙的实验室设备先进固然令人羡慕，常规的实验室同样可以有精彩的选择。现在的供应商都拥有众多的技术专家，不单了解你的目前需要，还非常周到地为你考虑了以后可能的需求变化，比如提供多种可升级配件和?？?。当实验室需要较大规模实验时，可以非常经济地升级，从1个增加到6个基本模块，也就是96样品孔。虽然不能用96孔板，但是当一个学生开始小量实验，其他人还可以随时插进去开始自己的独立实验，而且互不干扰，就是增加了灵活性。对于刚开始只做少量实验而且预算较紧张的实验室来说是非常灵活的选择。
5.不确定性
尽管软件可以做部分修正，购买一台系统误差较少的仪器，无需那么多计算修正总比靠计算修正好。要特别注意仪器样品孔之间的差异性。除了样品孔之间的温度差异，还有样品孔和检测探头之间光程距离、负责收发和传递信号的光纤长度的微小差别、透镜和样品孔间的距离和角度的微小差别、甚至样品槽对信号传递的影响。很多时候，不同样品孔之间会有不同的结果。
6.试剂盒的选择
尽管销售人员会吹嘘有出色质量控制的试剂盒和解决方案就会得到一至的结果，但购买现成的试剂盒并不是解决差异性的办法。认真的评估实验和分析实验才是解决之道。
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