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Z全面的人類表觀基因組圖譜

2015-2-26  閱讀(372)

,《自然》(Nature)雜志及其旗下相關的六大期刊同時在線發(fā)表24篇科技論文,發(fā)布涉及100多種人類細胞和組織的*張表觀基因組(Epigenome)綜合圖譜。 
表觀基因組指的是附著在基因組上的化學標記模式,其決定了哪些基因會被激活以及它們激活的方式及時間。由于表觀基因組調控了人體的正常發(fā)育,*表觀遺傳調控失常與從癌癥、自閉癥到心臟病等廣泛的疾病相關聯(lián),這一巨大的數(shù)據(jù)寶庫預計將提供有關人類健康和疾病生物學大量新見解(延伸閱讀:4篇Nature文章公布重大成果:三大物種表觀基因組圖譜 )。
這24篇論文是表觀基因組學路線圖計劃(Roadmap Epigenomics Program,REP)幾百名參與者數(shù)年研究工作的頂點成果,這一計劃是在2006年由一些學術科學家以及美國國立衛(wèi)生研究院的核心成員提出。所有成果均可在Nature的表觀基因組路線圖上免費獲取。 
為REP提供數(shù)據(jù)的有NIH四大路線圖表觀基因組繪圖中心(REMC),加州大學舊金山分校的Joseph F. Coslo博士是其中一家機構的主任。Coslo說:“在機體的所有細胞中人類基因組的DNA序列都是相同的,而一些細胞類型例如心臟細胞、腦細胞或皮膚細胞則具有*的特征,特別容易受到各種疾病的影響。通過操控基因表達,表觀基因組使得攜帶相同DNA的細胞能夠分化為人體中200多種細胞類型。"
Coslo說,在癌癥研究中新數(shù)據(jù)將加速融合已有的基因組及表觀基因組觀點。有一些癌癥研究人員從事基因組研究,揭示突變、刪除等等的作用。另一些則研究表觀基因組。他們幾乎是在平行軌道上從事研究工作,彼此卻沒有很多的交流。過去的五六年里研究者們在重新審視這類討論,因為癌癥中zui頻發(fā)的突變影響了一些表觀基因組調控因子。因此基因組中的一些突變是通過表觀遺傳學機制來發(fā)揮作用,現(xiàn)在一些大型制藥公司將表觀基因組視作是一個重要的靶標。 
新研究報告了來自十多家實驗室和REMCs四大中心的,111種不同類型細胞和組織表觀基因組的數(shù)據(jù)。作者們寫道:“這一迄今為止zui全面的人類表觀基因組景觀圖譜,不僅對于正常人類生物學具有重要的意義,我們的數(shù)據(jù)集對于人類疾病的研究也將具有極大的價值,例如有數(shù)篇姊妹文章探討了自身免疫疾病、阿爾茨海默氏癥和癌癥的背景。"
在這一系列的研究論文中,有4篇Nature文章討論了發(fā)育過程中可能定義了不同細胞類型的數(shù)組轉錄因子。Ziller等通過用胚胎干(ES)細胞生成6種神經(jīng)祖細胞譜系,在體外模擬了神經(jīng)元發(fā)育。他們開發(fā)出了一些計算模型預測出了與神經(jīng)分化核心增強子以及一些*神經(jīng)譜系增強子結合的轉錄因子。Tsankov等研究了由ES細胞分化的zui早三個細胞譜系中與啟動子和增強子結合的數(shù)組轉錄因子。 
一些Nature文章演示了如何利用表觀基因組圖譜來研究人類生物學。Gjoneska等利用一種小鼠神經(jīng)退行性變模型模擬了阿爾茨海默氏癥。Farh等開發(fā)出了一種算法,確定了自身免疫性疾病的一些潛在非蛋白質編碼遺傳變異。Polak等則在多種癌癥中調查了一些癌癥相關遺傳突變的分布,并將它們與一些細胞類型特異性表觀基因組特征起來。
另有一些Nature論文探討了組蛋白修飾,提供了發(fā)育過程中及成人期組蛋白標記、長距離的染色質互作與基因表達之間關系的一些新見解。



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