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一、微笑形區帶（兩邊翹起，中間凹下）：
形成原因：主要是由凝膠中間部分凝固不均勻引起的，多出現于較厚的凝膠中。
處理辦法：待其充分凝固再做實驗。
二、皺眉形區帶（兩邊向下，中間鼓起）：
形成原因：主要出現在蛋白質垂直電泳槽中，一般是由兩板之間的底部間隙氣泡未排除干凈引起的。
處理辦法：可在兩板之間加入適量緩沖液，以排除氣泡。
三、區帶拖尾：
形成原因：主要是由樣品溶解效果不佳或分離膠濃度過大引起的。
處理辦法：加樣前離心；選擇適當的樣品緩沖液，加適量樣品促溶劑；電泳緩沖液放置時間過長，重新配制；降低凝膠濃度。
四、區帶出現紋理：
形成原因：主要是由樣品不溶性顆粒引起的。
處理辦法：加樣前離心，加適量樣品促溶劑。
五、鬼帶：
形成原因：主要是由于還原劑在加熱的過程中被氧化而失去活性，致使原來被解離的蛋白質分子重新折疊結合和亞基重新締合，聚合成大分子，其分子量比目標區帶大，有時不能進入分離膠。但它與目標區帶有相同的免疫學活性，在免疫印跡反應中可見，能與目標區帶對應的抗體作用。
處理辦法：加熱煮沸后再添加適量的DTT或Beta巰基乙醇，以補充不足的還原劑；加適量EDTA來阻止還原劑的氧化。
六、溴酚藍不能起到指示作用：
形成原因：實驗中常遇到溴酚藍已跑出板底，但蛋白質卻還未跑下來的現象，主要與緩沖液和分離膠的濃度有關。
處理辦法：更換正確pH值的Buffer，降低分離膠濃度。
七、區帶很粗：
形成原因：主要是由于濃縮膠未濃縮好。
處理辦法：適當增加濃縮膠長度，保證濃縮膠貯液的pH正確（6.8），適當降低電壓。
八、電泳電壓很高而電流很低：
形成原因：主要是由于電泳槽沒有正確裝配，電流未形成通路。
處理辦法：電泳槽正確裝配。
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