一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的适合退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约经费。
加热模块：上孔与孔之间的温度一致性对于获取可靠而可重复的PCR结果也是至关重要的。确保热准确性的一种方法就是经常使用温度验证试剂盒进行检测，温度验证检测通?？捎糜冢?/div>
在等温模式下相对于设定温度的孔间准确性；
在温度转换后相对于设定温度的孔间准确性；
热盖温度的准确性。
引物退火温度控制：
梯度温度控制是PCR仪一项有助于PCR中引物退火优化的功能。梯度设定的目的是在?？橹涫迪直浠奈露?，通过每列之间≥2°C的温度升降，可同时对于不同温度进行测试以获取引物退火温度。理论上，梯度可在?？橹涫迪窒咝缘奈露?。
然而，传统梯度PCR仪通常采用单一的热?？椴⑼ü挥诹蕉说牧礁黾尤燃袄淙丛形露鹊目刂?，经?；岬贾乱韵孪拗疲?/div>
仅能设置两个温度：在热?？榈牧蕉松柚贸梢锿嘶鸬母摺⒌臀露?，无法在模块间实现其他温度的准确设置。由于不同列之间的热交换，?？樯喜煌蚣涞奈露雀赡茏裱氖荢形的曲线变化而非线性梯度。
三槽梯度PCR仪对于样品温度控制的能力对于PCR结果的准确性十分重要。仪器特异性的参数如升降温速度，维持时间以及算法对于预测样品温度是关键。升降温速度意味着在一定时间内发生的PCR步骤之间的温度变化。由于热量从模块传输至样品需要一定的时间，样品实际的升降温速度会较慢。因此，对于变温速度的定义需要进行区分和了解。
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