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技術(shù)文章

質(zhì)粒抽提常見(jiàn)問(wèn)題解答

閱讀:842          發(fā)布時(shí)間:2010-12-9


 
 
 
 
 
 
 
 
 
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  試劑盒常見(jiàn)問(wèn)題解答 2010-11-6 8:41:26
     

一:膠回收常見(jiàn)問(wèn)題及
二:PCR產(chǎn)物回收試劑盒可能出現(xiàn)問(wèn)題及解決方法
三:質(zhì)粒抽提常見(jiàn)問(wèn)題解答
四:基因組DNA抽提
五:RNA操作指南
六:Trizol疑難解答
七:PCR疑難解答
八:RT-PCR
九:RACE

 膠回收常見(jiàn)問(wèn)題及對(duì)策


1. 沒(méi)有回收到DNA片段
如在洗脫后,發(fā)現(xiàn)洗脫液中沒(méi)有DNA 片段,請(qǐng)檢查是否按瓶身標(biāo)簽,在洗滌液中加入了無(wú)水乙醇。
 

2. 提取率低
1) 融膠液為酸性緩沖液,如融膠后,其pH 值升高將影響提取得率。請(qǐng)加入0.1 倍體積的3M 乙酸鉀(pH5.0)。
2) 長(zhǎng)時(shí)間使用后沒(méi)有更換的電泳緩沖液,其pH 值較高,將影響DNA 的吸附。請(qǐng)更換新的電泳緩沖液后,再進(jìn)行電泳,然后切膠。
3) 回收片斷大小影響回收效率(見(jiàn)下圖);
4) 在洗脫前,將洗脫液于30~60℃溫浴,可提高提取效率適當(dāng)延長(zhǎng)洗脫時(shí)間可增加回收效率。
5) 正確估計(jì)膠大小,確保加入足夠量的Binding Buffer;使膠*融解;
6) 提高Binding Buffer用量可提高小片斷DNA回收效率.對(duì)于<100bp的DNA片斷,可加入6倍體積的Binding Buffer;

3. 吸光度測(cè)量結(jié)果問(wèn)題
吸光度測(cè)量的是未知樣品與調(diào)零標(biāo)準(zhǔn)之間的相對(duì)吸光度,所以請(qǐng)用與洗脫液體相同的液體,對(duì)測(cè)量樣品進(jìn)行稀釋和調(diào)零。

4.如何計(jì)算提取率
1) 由于回收前樣品中,往往含有非目的DNA 片段、引物、dNTP 等,所以不能用測(cè)回收前后吸光度的的方法計(jì)算回收率。
2) 可將回收前后DNA 片段一起電泳,使用凝膠成像系統(tǒng)拍照后,用配套的軟件進(jìn)行電泳條帶灰度對(duì)比。
3) 注意,電泳條件及拍攝條件將對(duì)灰度對(duì)比結(jié)果造成很大影響,請(qǐng)仔細(xì)操作,以減小誤差。

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PCR產(chǎn)物回收試劑盒可能出現(xiàn)問(wèn)題及解決方法

1. 無(wú)DNA

DNA Wash Buffer沒(méi)有用無(wú)水乙醇稀釋?zhuān)?/p>

2. 低DNA產(chǎn)量

樣品中加入的Binding Buffer的量太少;請(qǐng)按照使用說(shuō)明加入足夠量的Binding Buffer;若DNA片段長(zhǎng)度小于200bp,可加入6倍體積的Binding Buffer;若DNA片段長(zhǎng)度大于4kb,則加入3倍體積Binding Buffer后加入1倍體積的雙蒸水。

3. OD值與瓊脂糖凝膠中的DNA產(chǎn)量不相符

從柱子上洗脫下來(lái)的痕量雜質(zhì)增加了A260的值;請(qǐng)按照標(biāo)準(zhǔn)步驟操作;另一方面,還取決于瓊脂糖/EB電泳的質(zhì)量.

4.  點(diǎn)樣時(shí)樣品漂出孔外

在洗滌完之后沒(méi)有把柱上的乙醇*除去;甩干空柱,然后再進(jìn)行下面的洗脫步驟.

 

質(zhì)粒抽提常見(jiàn)問(wèn)題解答

1. 沒(méi)有DNA被洗脫出來(lái)

沒(méi)有用乙醇稀釋W(xué)ash Buffer,按前面指導(dǎo)的方法準(zhǔn)備DNA Wash Buffer

2. DNA產(chǎn)量低

a. 細(xì)胞裂解率低

只使用含有氨芐青霉素的LB或YT培養(yǎng)基.使用基本方案時(shí),不要使用超過(guò)5ml的高拷貝質(zhì)粒培養(yǎng)物.

在加入Solution‖前細(xì)胞沒(méi)有充分混勻,可漩渦振蕩懸浮液使之充分混勻.加入Solution‖后,延長(zhǎng)孵育時(shí)間可獲得清晰的裂解液.如果Solution‖沒(méi)有蓋緊,可能需要重配.可按以下準(zhǔn)備:0.2N NaOH,1%SDS.

b. 細(xì)菌培養(yǎng)物生長(zhǎng)過(guò)度或不新鮮

不要于37℃培養(yǎng)超過(guò)16小時(shí),分離質(zhì)粒前長(zhǎng)時(shí)間存放培養(yǎng)物是不利的.

c. 使用的是低拷貝數(shù)質(zhì)粒

增加培養(yǎng)物的體積至10ml,或使用質(zhì)粒小量提取試劑盒II,培養(yǎng)物體積為25ml.

3. 產(chǎn)量中有大分子量的DNA污染

加入Solution‖后過(guò)分混和細(xì)胞裂解液,加入Solution‖后不要猛烈振蕩或搖勻,可輕輕顛倒離心管幾次使充分混勻

4. 光密度與瓊脂糖凝膠上的DNA不符

從柱子洗脫下來(lái)的痕量雜質(zhì)使A260升高;確保按操作指南中的步驟7和8洗脫柱子;另外,還依賴于瓊脂糖/溴化乙錠電泳測(cè)定

5. 瓊脂糖凝膠上可見(jiàn)RNA帶

SolutionI沒(méi)有加入RNase A

6. 在瓊脂糖凝膠上點(diǎn)樣時(shí),質(zhì)粒漂出點(diǎn)樣孔

洗脫步驟后,乙醇沒(méi)有*從柱子上去除;按標(biāo)準(zhǔn)操作步驟中*甩干spin-column。

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