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表位作图方法的选择
阅读：1146 发布时间：2010-11-24 目前已有许多可供选用的蛋白质抗原表位作图方法，如用于研究抗原抗体复合物晶体结构，或分析庞大的随机肽链序列库等。竞争分析法、基因表达分析法和合成肽链分析法等是应用以及技术zui成熟的方法。
推荐使用表位作图方法和基本条件
| 方法 | 构象表位 | 线性表位 | 条件 | 度 |
| 竞争分析法 | 是 | 是 | 标记抗体，抗原 | 仅确定空间位置竞争 |
| 基因片段表达法 | 是，但并非经常 | 是 | 必须克隆，DNA （已知基因序列） | 构象50--200个氨基酸 线状10--20个氨基酸 |
| 合成肽库法 | 否 | 是 | 必须建立肽库 | *绘制3—15 |
通过竞争分析法进行表位作图是应用非常广泛的一种方法，该法能够快速鉴定两种不同的单克隆抗体是否能够与同一蛋白质抗原结合，或他们与蛋白质结合位点是否重叠。如果两种抗体结合同一位点，两者就不可能同时与一特定抗原结合。这种方法可以通过标记已知抗原或标记已知抗体用于不同类型的检测中。常用的方法是用抗原包被96孔板，用未标记的抗体1去封闭抗原与标记抗体2的结合位点，通?？捎梅派湫酝凰鼗蛎副昙恰?/div>
通过一组单克隆抗体在竞争分析法中的应用，使得一系列蛋白质抗原的空间结构表位得以确定，该方法非常通用而且十分准确。例如，用这种方法已经确定了10多种SV40大T抗原上独立的表位（Gannon和Lane 1990）。这种方法特别适用于鉴定针对特殊蛋白的新的单克隆抗体与识别同样抗原的其他单克隆抗体的差异（Wagener等1983，1984；Kuroki等1990，1992a，b）。此法既可用于与构象表位结合的抗体，也可用于与线性表位结合的抗体分析。
第二种表位作图法是基于将蛋白抗原消化成较小的片段，然后再检测抗体是否与其中那些片段结合的方法。过去常用化学法和蛋白酶降解法使抗原蛋白质变成较小片段。这些方法仍然实用，但随着重组蛋白质表达系统的建立，可用重组基因方法得到蛋白质小片段。但此种方法要求随机地或者特异性地构建编码蛋白质小片段的开放阅读框，表达蛋白质片段。并需采用相应的方法检测抗体与表达蛋白质片段发生反应的特异性。
在该项研究中，利用DNA片段表达技术表达重组蛋白质的方法很多，包括从基因片段的*合成（Alexander等，1992）到利用噬菌体颗粒表面呈现等技术，表达通过DNA酶消化产生DNA开放阅读框的随机片段（Petersen等，1995；Fack等，1997）。
所有这些方法均是有效的，因为只需要表达小量的蛋白质来检测抗体是否能与之结合。在使用中只要有少量的蛋白质正确的折叠，将可使该方法出现抗原抗体的阳性结合反应，所以该方法可以用在线性表位和构象表位的抗原表位作图。
下面将举一个有用的例子，即通过PCR扩增得到已知的基因片段，然后通过转录和翻译，在体外表达，表达的蛋白抗原用同位素标记。抗体与标记同位素的抗原结合，并利用免疫沉淀法和凝胶电泳法鉴定。
第三种表位作图的方法仅用在抗体与短的线性肽链表位结合的免疫印迹方法中，这些抗体结合的表位是利用噬菌体呈现技术将较大的随机抗原肽序列库表达在噬菌体表面，并进行鉴定。同时，也可分析大量随机合成肽链库。此外，还有更加简便的方法，即含有抗原表位的蛋白质氨基酸序列或其基因片段，可以通过合成（或购买）已知可折叠的蛋白质肽链库而获得。这些肽链库能够利用简单的抗原抗体结合反应即可证实，同时可鉴定5～15个氨基酸长度的线性表位。