盐酸小檗碱主要植物来源于小檗科植物豪猪刺（Berberis Juli-ande Schneid）的根和茎，含量高可达4.5%。

小檗碱以盐酸盐的形式存在于植物之中，均为黄色结晶体，游离小檗碱在冷水中溶解1:20；热水1:8；冷乙醇1:100；热乙醇1:12；盐酸盐水中1:30；硫酸盐1:15.一种异喹啉生物碱。分子式[C20H18NO4]+。又称黄连素 。存在于小檗科等4科10属的许多植物中。小檗碱从乙迷中可析出黄色针状晶体。熔点145℃。溶于水，难溶于苯、乙迷和氯仿。小檗碱为一种季铵生物碱，其盐类在水中的溶解度都比较小，例如盐酸盐为1∶500，硫酸盐为1∶30。小檗碱从水或稀乙醇中析出的晶体带有5.5分子结晶水；若从氯仿、丙酮或苯中结晶，也带有相应的结晶溶剂分子。